深圳边防检查机构成立于1950年7月1日，名称先后为深圳公安检查站、深圳边防检查站、深圳边防检查总站、深圳出入境边防检查总站，隶属关系和体制历经多次变更。1998年1月1日，国家实行边防检查体制改革，深圳边防检查总站更名为中华人民共和国深圳出入境边防检查总站（简称深圳边检总站），由现役制改为人民警察职业制，正厅级建制，隶属公安部第六局（出入境管理局）。现下辖皇岗站（副厅级）和罗湖站、深圳湾站、蛇口站、文锦渡站、机场站、盐田站、沙头角站、笋岗站、大铲湾站等9个正处级边检站。2007年7月1日，深圳湾边检站成立，担负深圳湾口岸出入境边防检查任务；同年8月15日，福田口岸开通，皇岗站担负皇岗口岸和福田口岸出入境边防检查任务；2009年8月25日，大铲湾边检站正式成立，担负大铲湾口岸出入境边防检查任务。
