北京边检总站机关设办公室、政治处、督察处、后勤处、业务处和技术处。机关直属单位设培训中心、技术保障队、服务中心和门诊部。下辖北京铁路西客站出入境边防检查站、边防检查一队、边防检查二队、边防检查三队、边防检查四队、特殊勤务检查队和遣返审查所。负责首都国际机场、北京铁路西客站火车站的出入境边防检查及北京周边机场的临时出入境边防检查任务。
北京边检总站为维护国家主权、安全和社会秩序，履行下列职责：
（一）对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查；
（二）按照国家有关规定对出境、入境的交通运输工具进行监护；
（三）对口岸的限定区域进行警戒，维护出境、入境秩序；
（四）执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。
