出入境边防检查工作是公安保卫工作和国家行政管理工作的重要组成部分，是一种国家行为。无论在何种历史时期，深圳边防检查机关始终牢记使命，忠实履行自身职责，对维护国家主权和尊严，保卫国家和口岸安全，维护出入境秩序，方便境内外往来，服务经济建设，促进深港两地交流合作，发挥了重要的作用。
改革开放以前，由于国内外复杂的政治形势，以及深圳毗邻港澳的特殊地理位置，深圳边防检查机关在维护国家主权、保卫国家安全和维护正常出入境秩序上担负着重大职责和繁重的工作任务。深圳边防检查机构组建后，迅速整顿深港边境秩序，建立了出入境边防检查制度。五、六十年代，深圳边检机关严密出入境边防检查措施，查获大量企图潜入潜出进行破坏活动的间谍、敌对分子、外逃人员和爆炸品、反动宣传品，为保卫国家安全作出了重要贡献；同时，大量海外侨胞经罗湖口岸入境回到祖国的怀抱，受到深圳边检机关的热情接待，并给予出入境便利。十年动乱期间，深圳边防检查工作受到严重干扰，实行“政治边防”，出入境人员大大减少，由于外逃人员增多，边检机关“反外逃”任务很重。七十年代中后期，随着国内政策调整，粤港经贸联系和人员往来增多，边防检查手续开始放宽和简化。
1980年8月26日，深圳经济特区成立以后，粤港、深港之间经贸联系和人员往来日益紧密，出入境人员和交通运输工具快速增长。新增口岸蛇口港、沙头角口岸、皇岗口岸、盐田港、深圳机场国际航线先后陆续对外开放。深圳边检机关适应形势发展，积极为经济社会发展服务，致力创造安全文明畅通的口岸通关环境。不断简化检查手续，将验证、复验、盖章等手续合而为一，取消出境验放卡制度，对入出境列车、汽车的检查由普遍检查改为重点抽查，放宽私家车随员限制等；多次延长通关时间，八十年代初口岸仅白天开放，至2007年，皇岗口岸24小时通关，罗湖口岸通关时间为6：30—24：00，文锦渡口岸7：00—22：00，蛇口港、盐田港、深圳机场边检均实行24小时执勤；不断改革边防检查工作方式，启用了边防检查计算机查验系统，实行电脑化边防检查方式。香港回归期间，圆满完成了各类进驻人员边防检查和安全保卫任务。
1998年1月，深圳边检业实行职化改革后，深圳边检总站积极调整工作思路，在严密口岸管控措施确保安全的前提下，致力创建和谐文明的出入境环境，大幅提升通关效率，努力提高为经济社会发展服务水平。大力推进边检执勤工作改革，实施科技强警工程，出入境边防检查业务建设高速发展。1999年1月，启用了《港澳居民来往内地通行证》OCR卡式证件查验系统，大幅提升港澳居民查验速度，方便港澳居民出入境；1999年7月，启用了出入境车辆快速检查系统（简称“快捷通”）并逐步全面推广，司机可接触方式输入指纹实行自助式边防检查查验，实现了检查通道无人驻守的边防检查方式；2001年3月，开始实行对出入境船舶实行“预检”，之后还增加了“网上报检”功能并全面推广，使船舶即靠即作业，大幅提高了工作效率和港口运转速度；3月，还开通了“畅通网”，为旅行社提供远程资料录入和预查服务；2002年9月，启用了总站自行开发的边防检查综合信息系统，2005年5月，启用了全国新一代出入境边防检查查验系统——梅沙系统，大幅提升了边防检查工作效率和质量；2005年6月，启用了自行研制开发的“旅客自助查验系统”，并逐步推广和扩大旅客自助查验范围，实现了旅客自助式查验出入境，大幅加快了通关速度，便利了旅客出入境。2007年7月，在新开放的深圳湾口岸，实行了深港双方“一地两检”的全新的边防检查方式，进一步提高了口岸通关速度。
五十三年来，深圳出入境边防检查业务执勤工作量发生了巨大变化，出入境旅客和车辆逐年上升。面对日益繁重的边防检查执勤任务，深圳边检总站克服警力不足的困难，坚持以提高边检服务水平为中心，确保通关效率，严厉打击了出入境违法犯罪活动，努力创造安全和谐高效的口岸通关环境，为加强深港交流合作，促进国家经济社会发展发挥了重要作用。
