这个原因太多了...
在显微镜发现前，人类根本就想不到会有那么小的生物存在，这远远超过当时人类认识的极限。即使有人想到，可能也没有技术去观察，显微镜也是偶然的发明。想不到和没有技术在长期内限制了人类对微生物的认识
即使在认识了细菌以后，仍有很多微生物（比如很多病毒）没有被认识，除了想不到和没技术，很多时候固有的思维也严重限制了认识水平的进步。从光学显微镜到电子显微镜又是很长的时间。
虽然现在有不止显微镜在内的多种技术研究微生物，但我们仍然对微生物知之甚少。据估计，可能有7成以上的肠道微生物人类至今未发现，有的细菌生存要求很高。而人类很难在体外重现活体肠道的环境，难以在体外培养那些微生物，也就难以进行研究。
