总的来说，微生物对人类利大于弊。
微生物是地球上最早出现的生命形态，因世代时间短，容易变异，使其种类非常多。科学家估计，仅细菌可能就超过500万种。
许多微生物能让人患上各种疾病，因此许多人觉得微生物非常可怕。但微生物种类虽多，绝大多数对人体无害，能让人致病的微生物只占微生物非常少的比例。
而自然界如果没有了微生物，人类绝对无法存活。在地球生态系统的维持与稳定中，微生物起着无可比拟的作用，因为微生物是整个生态系统中的基础的基础。
一是参与自然界碳、氮、氧三大循环。微生物是最初级的生产者。光合微生物利用沟通，把自然界中的碳氮氧组合在一起，形成最初级的有机物，成为其他微生物的营养来源。同时，微生物又是最末级的分解者。微生物把大量的动植物尸体快速分解，让其中的碳氮氧重新进入自然界，进行循环利用。如果没有微生物，生态系统就会崩溃。这是微生物最大的生态功能。
二是微生物是对抗疾病的功臣。微生物能够致病，但微生物也同样能够治病。人类目前使用的抗菌素均是由各种微生物产生的。正是有了微生物，人我们才有了对抗微生物感染的有效手段和方法。目前生化药物和制剂的生产，也有许多是利用微生物进行的。
三是微生物可用于农业生产和食品生产。有的微生物能将空气中的氮，转化成植物可以吸收的含氮物质。可以减少对农作物的施肥量。如根瘤菌。有的微生物能杀死农林害虫。如：苏云金杆菌，可使菜青虫生病而死亡。有的病毒可以防治一些农林害虫。我们每天吃的馒头、面包、泡菜等食品。我们喝的营养丰富的酸奶；各种酒类-调味品中的醋、酱油它们都是经过微生物的发酵制作出来的。还有我们吃的营养丰富的菌类，如各种蘑菇、木耳，银耳。还有药用价值的灵芝，冬虫夏草也都是微生物。
四是微生物可用于保护环境。在众多的污水、废水处理方法中，生物学的处理方法具有经济方便，效果好的突出优点被广泛应用。有些微生物能将水中的含碳有机物分解成二氧化碳等气体。将含氮有机物分解成氨，硝酸等物质。将汞、砷等对人体有毒的重金属盐在水体中进行转化，以便回收或除去。在污水处理中，微生物起到不可替代的作用。
