嘉庆朝上承“康乾盛世”，下启道咸以来之衰世，是清王朝由盛转衰的过渡期。《嘉庆帝起居注》真实地记录了清王朝由盛转衰的历史过程。中国第一历史档案馆所藏嘉庆朝汉文起居注，时间起自嘉庆元年（1796），止于嘉庆二十五年（1821），其中偶有缺轶，共计552册。嘉庆朝是清代的一个转折裂变期，承继康熙、雍正、乾隆奠定的盛世基业，开启道光、咸丰以降的衰微颓败。清王朝由盛转衰的历史趋势在嘉庆朝起居注中有所反映。
王朝的盛衰与皇帝的能力、作为有密切的联系。嘉庆帝在位25年，一直比较懦弱，没有大的作为。嘉庆皇帝即位后的前三年，一切均由太上皇乾隆作主，嘉庆帝只是例行公事，乏善可陈。嘉庆四年，乾隆驾崩后，嘉庆帝为扭转清廷自乾隆中后期出现的日渐衰败的局面，制定了一系列惩贪治污、杜绝奢腐、纳言任贤的治国措施，使清廷稍见振兴之色。然而，由于他执法宽仁有余而严厉不足，一些贪赃枉法的官吏因种种理由受到恩免，致使腐败之风愈演愈烈，加之他不能始终如一地执行既定政策，许多措施或无法得到贯彻，或实行不久即被改变，有的甚至遭到废黜，致使治理整顿收效甚微，清王朝也由此走上了日益衰败的历程。这些在起居注中都可以找到充分的证明。
嘉庆一朝，吏治腐败，军备松弛。吏治腐败的典型例子是深受乾隆宠信的大贪官和珅之所为。据起居注记载，嘉庆四年（1799）正月，乾隆皇帝驾崩，嘉庆帝将和珅惩办，并查抄其家产，在历数和珅20条罪状中，有8条是关于和珅贪婪无度的。例如，和珅所盖楠木房屋僭侈逾制，其多宝仿照宁寿宫制度，其园寓点缀与圆明园蓬岛瑶台无异；家内所藏珍宝内珍珠手串竟有二百余串，较之大内多至数倍；家内银两及衣服等件数逾千万，夹墙藏金二万六千余两，私库藏金六千余两，地窖埋藏银两百余万……可见，和珅之贪婪到了无以复加的地步。实际上，吏治腐败不仅仅表现在皇帝亲信的贪得无厌上，还表现在各级官吏对百姓的层层盘剥上。州县官多方婪索、竭其脂膏、剥削小民，督抚大吏勒索属员，层层朘削。这些情况在起居注内都有许多记载。军备废弛也是清王朝趋于衰败的重要表现。嘉庆帝统治时期，军官克扣军饷，勒索百姓；兵士疏于训练，纪律涣散，战斗力大大下降。
官吏的腐败，加重了人民的负担，激化了社会矛盾。在贪官污吏的盘剥下，老百姓无法生存下去，只好铤而走险，揭竿而起。在嘉庆一朝，先后爆发了湘、黔苗民起义，湖南、广东、广西瑶民起义，川、楚、陕白莲教起义，豫、冀、鲁农民起义。面对此起彼伏的农民起义，清军东征西讨，疲于奔命。在嘉庆朝起居注中，每一册都有大量的关于镇压农民起义的记载。嘉庆帝的谕旨，或奖叙镇压起义“有功”者，或督责镇压起义不力者，这反映出解决社会矛盾成为当时突出的问题。正如著名清史研究专家戴逸先生所指出的那样，白莲教起义的重大历史意义，在于它沉重地打击了清朝封建统治，剥开了它“繁荣”“升平”的外衣，暴露了它的腐朽和虚弱，成为清王朝由盛世到衰落的转折点。
嘉庆本人碌碌无为，国内农民起义不断。嘉庆元年，川楚陕边境地区爆发了白莲教起义，后波及川、楚、陕、豫、甘等省，历时九载。白莲教起义军在历时九年多的战斗中，占据或攻破州县达二百零四个，抗击了满清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁四百余名，提镇等一、二品大员二十余名，满清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使满清元气大伤，此后满清的统治逐渐走向衰落。
乾隆五十九年至嘉庆十五年（1794～1810），东南沿海爆发了蔡牵在福建、浙江、广东沿海聚众反抗满清统治的武装斗争。康熙中叶，满清政府加剧对民众的压榨，迫使东南沿海广大民众下海谋生。乾隆五十九年，福建同安人蔡牵率领福建泉州、漳州一带沿海破产渔民及无业民众，在海上劫商自救，后以闽浙沿海为基地抗清。嘉庆七年（1802），率船队攻厦门海口的大、小担山，500余众登岸，夺炮13门。清廷命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰30艘，铸炮400余门往攻。次年初，蔡牵在浙江普陀海面遭李长庚袭击，败退福建海面，仅余船24艘，处境不利，遂向闽浙总督玉德诈降，又用厚金贿赂闽商更造巨艇，恢复作战能力。九年夏，移屯台湾海面，集大船80艘，突入福建海面，击杀温州总兵胡振声，焚其战船26艘。清廷命李长庚率闽浙水师往攻，在浙江海面击败蔡牵。十年冬，蔡牵欲取台湾建立据点，聚战船百余艘，先攻占台湾淡水、凤山（今高雄）等地，得当地民众支持，队伍发展至2万余人。蔡牵被推为镇海王，率众包围台湾府城。清廷急调广州将军赛冲阿为钦差大臣赴台督办军务，命李长庚率水师3000渡海入台镇压义军。蔡牵沉舟鹿耳门港，阻滞清军舰船。十一年初，李长庚分路围堵鹿耳门及其附近港口，阻止义军突围。蔡牵趁海潮骤涨、沉舟漂起之际，夺航路突围至闽、浙海面。十二年底，在广东黑水外洋迎战李长庚及福建水师提督张见升，受挫后仅剩大船三艘、小船十余艘。清军乘胜追击，并以火攻船挂住蔡牵座船后艄，蔡牵于船尾发炮，击杀李长庚。张见升畏怯，遂退出战斗。蔡牵移师远海休整。清廷命王得禄、邱良功分任福建、浙江提督，合兵围攻。起义军长期作战，伤亡甚重，内部分裂。十四年八月，蔡牵与清军闽浙水师连续交战于浙江渔山外洋，遭清军围击，寡不敌众，发炮自裂座船，与妻小及部众250余人沉海。次年，余部1300人降清。至此，蔡牵起义失败。
嘉庆七年（1802年）七月，广东博罗县陈烂屐四发动上万人参加的反清的天地会起义。嘉庆八年（1803年）闰二月二十日，嘉庆从圆明园返回大内，将进顺贞门，突然有一汉子冲出行刺，嘉庆的随从一百多人一时被惊呆，亏得在场的几个亲王卖命格斗，才将刺客擒住。原来，他叫陈德，是个平民，因贫困无告，愤恨满清统治的压榨，才舍身潜入皇宫，准备刺杀皇帝。事后，陈德一家被残杀。
嘉庆十八年九月，爆发了北京天理教首领林清起义，攻入皇宫。天理教又名八卦教，是白莲教的一个支派，传布于河北、山东、山西、河南各地，按八卦分为八区组织教徒。河南滑县李文成和北京林清是主要教首。预定在嘉庆十八年九月十五日(阴历)八方同时起义。但因李文成行动暴露，被捕入狱。滑县群众遂提前于九月七日(阴历)起义，救出李文成，占据滑县城。李文成自称“大明天顺李真主”。林清则按期起义，在京南黄村组织武装，以200人潜入城内，在入教太监刘进亨引导下，分由东华、西化门攻进清宫。其时嘉庆帝正在热河围猎，宫中惊慌万状。皇次子（上日下文）宁调来火器营、健锐营兵入宫，战于隆宗上外。义军寡不敌众，退出皇宫。10月16日，林清在黄村被捕牺牲。李文成军在夺取滑县后，又占领道口镇等地。清廷调杨遇春、杨芳率军镇压。12月17日，李文成在司寨(今辉县地)兵败，自焚而死。1814年1月4 日，清军攻陷滑县，李文成妻张氏在击杀数十人后，关门自缢。起义最后失败。这次起义，因为林清攻入紫禁城，震撼极大。嘉庆帝承认：此乃“汉、唐、宋、明之所未有”，“从来未有事，竟出大清朝！”
天理教起义之后，昏庸的嘉庆不思减轻对人民的压榨剥削，反而荒唐的认为是皇宫里的树木坏了风水，于是下令将宫内树木全部伐掉。后代皇帝从祖训，也不重新种植树木，致使今日故宫古树罕见。
