哲学物质范畴同自然科学的物质结构理论既有区别，又有联系。
（1）它们的区别是:哲学的物质范畴揭示的是一切物的共性，即客观实在性，是普遍的。物质结构理论讲的物质是关于某一具体物质形态的组成成分及其结构特点。
哲学的物质观是以自然科学物质结构理论为基础的。可以说，没有自然科学物质结构理论提供的科学事实，就不会有科学的哲学物质观。古代朴素唯物主义和形而上学唯物主义都把物质看做是客观实在的，但是它们不知道或者很少知道物质的内部结构、层次和规律性，因而对物质世界的“客观实在性”的认识是粗糙的、模糊不清的。当自然科学向我们提供了关于物质内部结构，物质客体中关于分子、原子、电子和其它一系列基本粒子，以及它们之间的联系的知识时，我们就从混沌模糊的认识中摆脱出来，取得了对物质这一“客观实在”及其规律的越来越清晰、越来越具体和深刻的认识。所以，自然科学物质结构理论的发展，不断地丰富和发展了哲学物质观的内容。
(2)它们的联象是:一方面，哲学物质范畴要以物质结构理论为基础，物质这个普遍性的范畴要以对具体事物结构的认识为前提，没有对具体事物的认识，没有对个别物体结构的认识，物质这种一般性的认识也不可能产生。哲学的物质范畴要不断地从物质结构理论中吸取营养，才能使自身不断丰富和发展;另一方面哲学的物质范畴能给物质结构的认识以世界观和方法论的指导。正确的物质观对物质结构的认识和研究，能起巨大的椎动作用。在现代，人们要深化对物质结构的认识和研究，就必须坚持马克思主义哲学物质观的指导。
