哲学物质范畴同自然科学的物质结构理论既有区别，又有联系。
（1）它们的区别是:哲学的物质范畴揭示的是一切物的共性，即客观实在性，是普遍的。物质结构理论讲的物质是关于某一具体物质形态的组成成分及其结构特点。
哲学的物质观是以自然科学物质结构理论为基础的。可以说，没有自然科学物质结构理论提供的科学事实，就不会有科学的哲学物质观。古代朴素唯物主义和形而上学唯物主义都把物质看做是客观实在的，但是它们不知道或者很少知道物质的内部结构、层次和规律性，因而对物质世界的“客观实在性”的认识是粗糙的、模糊不清的。当自然科学向我们提供了关于物质内部结构，物质客体中关于分子、原子、电子和其它一系列基本粒子，以及它们之间的联系的知识时，我们就从混沌模糊的认识中摆脱出来，取得了对物质这一“客观实在”及其规律的越来越清晰、越来越具体和深刻的认识。所以，自然科学物质结构理论的发展，不断地丰富和发展了哲学物质观的内容。
(2)它们的联象是:一方面，哲学物质范畴要以物质结构理论为基础，物质这个普遍性的范畴要以对具体事物结构的认识为前提，没有对具体事物的认识，没有对个别物体结构的认识，物质这种一般性的认识也不可能产生。哲学的物质范畴要不断地从物质结构理论中吸取营养，才能使自身不断丰富和发展;另一方面哲学的物质范畴能给物质结构的认识以世界观和方法论的指导。正确的物质观对物质结构的认识和研究，能起巨大的椎动作用。在现代，人们要深化对物质结构的认识和研究，就必须坚持马克思主义哲学物质观的指导。
辩证唯物主义的物质观为自然科学物质结构的研究指出了正确的方向。自然科学关于物质结构的研究对象是纷繁复杂、千变万化的，但是它们的共同本质都是客观实在性、可知性的，因此，自然科学家在研究物质结构时，必须以辩证唯物主义的物质观作指导原则，坚持研究对象的客观实在性和可知性，克服唯心主义和形而上学对自然科学的影响，避免像十九世纪末、二十世纪初那样，由于一些有成就的自然科学家陷入唯心主义和形而上学而妨碍了科学的发展，保证自然科学的研究沿着正确的方向健康发展。
(3)哲学物质范畴和自然科学物质结构学说之间是普遍与特殊、共性与个性、一般和个别的关系。
可以这样概括这个问题：哲学物质范畴与自然科学物质结构理论既有区别，又有联系。现代科学的新发现进一步证实和丰富了辩证唯物主义的物质观，而辩证唯物主义的物质观又为科学的发展提供了正确的方法论，指出了正确的方向，推动了科学的发展。
