根据上述职责，自治区水产畜牧兽医局设10个内设机构。 （自治区人民政府重大动物疫病防治指挥部办公室）
拟订动物防疫、检疫、动物卫生监督工作规划、计划、技术规范并组织实施；组织实施动物防疫、检疫、动物卫生监督工作；组织开展动物疫情调查、监测和预警；承担突发重大动物疫情应急的相关工作；组织实施无规定动物疫病区的建设与管理；承担自治区人民政府重大动物疫病防治指挥部的日常工作。 （水产畜牧产品质量安全监管处）
拟订兽药、兽医医疗器械行业发展及兽医医政工作规划、计划并组织实施；承担官方兽医、执业兽医的管理工作；组织实施动物诊疗机构、动物病原微生物实验室生物安全监督管理工作；组织实施兽药、兽用生物制品质量安全监督管理工作；组织实施动物产品兽药残留监控工作；承办兽药审批的审核工作。组织拟订水产畜牧产品质量安全体系及水产畜牧产品质量安全监管工作规划、计划并组织实施；承担拟订水产畜牧产品及相关养殖投入品地方标准的有关工作；承担组织实施水产畜牧产品质量安全检测、监测工作；承担组织、指导水产畜牧产品质量安全检测体系建设和机构考核工作；承担依法实施符合质量安全标准的水产畜牧产品认证和监督管理的有关工作；承担组织水产畜牧产品质量安全监督管理的有关工作。 （行政审批处）
草拟水产畜牧业、饲料工业地方性法规、规章草案，提出行业发展战略、方针、政策建议，组织行业经济运行中重大问题研究并提出对策、建议；负责本局规范性文件合法性审核和行业行政复议、行政应诉工作，指导本行业法规宣传、执法队伍建设和执法监督工作；指导行业市场体系建设和市场拓展工作，负责市场信息分析和发布；协调行业产品加工流通、产业化经营，指导龙头企业、行业协会和农民合作组织建设。牵头负责行政审批工作。
机关党委 负责机关及在邕直属单位的党群工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
