（一）拟订水产畜牧业、饲料工业发展政策、发展战略、中长期发展规划并组织或指导实施，参与涉及水产畜牧业的财税、价格、保险等政策制定，组织起草水产畜牧业、饲料工业的地方性法规规章草案，推进水产畜牧业依法行政。
（二）指导农村草地承包、水面滩涂养殖使用权确权管理。拟订水产畜牧业产业化经营的发展规划与政策并组织实施，指导、扶持水产畜牧业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和行业协会的建设与发展。
（三）指导水产畜牧产品生产，组织落实促进水产畜牧产品生产发展的相关政策措施，引导水产畜牧业产业结构调整和产品品质的改善。会同有关部门指导水产畜牧业标准化、规模化生产。负责提出水产畜牧业固定资产投资规模和方向、政府财政性资金安排的意见。编报部门预算并组织执行。提出扶持水产畜牧业发展的财政政策和项目建议，共同制订实施方案并指导实施。拟订水产畜牧业开发规划并监督实施。配合财政部门组织实施水产畜牧业综合开发项目。
（四）组织拟订促进水产畜牧产品加工业发展政策、规划并组织实施。提出水产畜牧业产业保护政策建议。指导水产畜牧产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设。提出促进大宗产品流通的政策建议，研究制定水产畜牧业市场体系建设与发展规划。培育、保护和发展水产畜牧产品品牌。
（五）负责渔政管理和承担渔业维权巡航。组织、管理渔业环境的调查、监测、监视和评价；负责渔业资源、水生生物湿地、水生野生动植物、渔业水域生态及环境保护和渔业资源的增殖工作，代表国家向渔业生态环境损害责任人提出赔（补）偿。承办处理重大涉外渔事纠纷，维护国家海洋和淡水管辖水域的渔业权益的工作；监督国际渔业公约和双边、多边渔业协定在本行政区域的执行；代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权。牵头管理外来水生动植物物种。
（六）承担水产畜牧业行业管理职责。组织实施水产畜牧业生产经营许可制度；指导水产捕捞和养殖、畜产品养殖、加工、流通、远洋渔业和新兴水产畜牧业发展及水产畜牧业机械化工作；负责编制并组织实施水产和畜牧原（良）种场、渔港、现代水产畜牧业示范基地的规划。指导渔业水域、草原、宜渔滩涂和水域以及水产畜牧业生物物种资源的保护和管理。指导水产畜牧业节能减排和面源污染治理有关工作。划定水产畜牧产品禁止生产区域，指导生态水产畜牧业、循环水产畜牧业等的发展。
（七）负责重大动物疫病防控。指导动物防疫体系建设，组织实施动物防疫、检疫及动物卫生监督工作，负责动物疫情管理并组织扑灭。承担自治区外引进动物种苗检疫审批工作。组织兽医医政、兽药药政药检工作。负责官方兽医、执业兽医的管理。组织实施水产养殖病害防治和水生动植物防疫检疫工作。
（八）承担提升水产畜牧产品质量安全水平责任。依法开展水产畜牧产品质量安全监测，发布有关水产畜牧产品安全信息。依法实施符合安全标准的水产畜牧产品认证和监督管理。依法开展水产种苗、草种、种畜禽、兽药、渔药、饲料、饲料添加剂的许可及监督管理，组织实施兽药、渔药、饲料、饲料添加剂等检验检测。拟订水产畜牧业有关地方标准并会同有关部门监督实施。开展兽医医疗器械的监督管理。
（九）承担水产畜牧业防灾减灾的责任。监测、发布水产畜牧业灾情，组织种苗、消毒剂等救灾物资储备和调拨，提出生产救灾资金安排建议，指导紧急救灾和灾后生产恢复。
（十）管理水产畜牧业经济信息，监测分析水产畜牧业经济运行，开展相关统计的工作。发布水产畜牧业经济信息，负责水产畜牧业信息体系建设，指导行业信息服务。
（十一）拟订水产畜牧业科研、技术推广的规划、计划和有关政策。负责水产畜牧业科技成果管理，组织引进自治区外水产畜牧业先进技术，指导技术推广体系改革与建设。负责水产畜牧业品种保护和转基因生物安全监督管理。
（十二）拟订水产畜牧业农村人才队伍建设规划并组织实施，指导水产畜牧业教育和职业技能开发工作，参与实施农村实用人才培训工程。承担农村劳动力转移就业培训的有关工作，会同有关主管部门依法实施水产畜牧业农村人才专业技术资格和从业资格管理。按照管理权限管理局机关及直属单位的人事、劳动工资、机构编制工作；指导直属单位的工作及水产畜牧业社团组织为水产畜牧业、饲料工业经济发展服务。
（十三）组织水产畜牧业对外经济技术合作与交流；组织协调远洋渔业开发；管理水产种苗、种畜禽及技术的引进和出口工作；承办外国政府或国际组织对水产畜牧业提供项目贷款及提供援助的事务，并组织或监督实施。
（十四）承办自治区人民政府及自治区农业厅交办的其他事项。
