上市公司发行的股票种类繁多，持有不同种类股票的股东对公司治理结构有不同的影响。
在深、沪两市上市公司发行的全部股票中，既有A股也有B股，而A股中又包括国家法人股、社会法人股、职工股和社会公众股，B股中则包含了外资法人股、外资股、境内社会法人股、境内个人股。因此存在着众多与公司有直接或间接利益关系的主体。这些主体持有公司的股票，就是公司的所有者，就应有权参与公司治理以实现自身的投资目的，但不同利益主体各自的投资利益不尽相同，难免发生利益冲突，这就使得我国上市公司治理结构由于涉及面的广泛而变得更加复杂。
股权结构以国家股和法人股等非流通股为主，尤以国家股比重最大，股权结构不合理。大多数上市公司是由国有企业改制或由国家和国家授权投资的机构投资新建而来，加之《证券法》中关于企业改制过程中其国有净资产的折股比例不得低于65%的规定，使得新公司的股权结构中表现出国有股一股独大。而国家关于国家股和法人股不允许上市流通的规定，更从制度上确保了国有股的绝对优势地位。
由此，市场上就出现了这样的现象：即持有流通股的广大股东承担着由公司的经营业绩好坏引起股价波动的市场风险，却很难作为股东行使到参与公司治理的权利，而持有国家股、法人股的股东独揽公司大权却不必承担股票市场的风险。这显然是一种不合理的现象。上市公司的债务多来自借款和应付款，债权筹资的比重低。由前文所知，广义上的公司治理结构包括股权结构、债权结构和董事会结构。债权人借助债务协议同样也可以对董事会实施一定的影响力，而这种影响力会最终反映在公司的经营活动中。在国外，由于债权筹资有成本低、债权人不能参与公司的日常经营决策和年终利润分配等优点，深受广大上市公司的欢迎。而在我国，情况却缺恰恰相反，尽管《证券法》中对上市公司发行债券的条件要比申请配股的条件宽松得多，可申请发行债券的公司仍寥寥无几。归结其原因，国家股占绝对控股地位的现状很好的说明了这一点。上市公司即使给出了10配10这样高的配股比率，流通股的比重仍然与国家股和法人股相差甚远，加之流通股的股东多数是中小散户投资者，持股分散，所以配股根本无法撼动国家的控股地位。我国股东似乎完全可以忍受上市公司多年不分派股利的行为使得股票筹资成本甚至小于债券筹资的同期成本，上市公司当然会青睐于前者。
董事会中内部董事占绝大多数，董事会结构不合理导致权力失衡。董事从股东中选举产生，而持股数又代表着所持的选票数，因此控股股东通过推举代表其利益的董事参加董事会的方式掌控着董事会。我国多数上市公司中国家股占控股地位，自然代表国家的董事在董事会中占优势，而代表法人股、社会公众股的董事虽然人数众多处于票数上的劣势，这就使得董事会的投票决策机制形同虚设，出现了公司治理上的“无效区”。董事会通过聘任符合自己利益的公司经理阶层，达到层层控制公司的目的。我国多数国有企业的董事、经理还是由控股股东委派而来，其代表股东行使的权利过大，甚至出现了不少董事长兼任总经理的情况，总经理取代了董事会的部分职权，将董事会架空，自己管理自己，自己评价自己，成为名副其实的“内部控制人”，使得公司治理中的约束机制和激励机制完全丧失效力，这样的公司治理结构不仅损害了中小股东的利益，也损害了大股东自身的利益。所谓出资人，就是向企业投入资本的人，即企业资本的拥有者，也就是股东。任何人的财产（资本）一旦投入企业，就变成企业的法人财产，投资者就享有出资人的权利。这些权利主要包括资产受益、按照法定程序参与企业的重大决策和聘请经营者、转让股权等。在市场经济条件下，国有企业的资产必须同其他所有制资产一样，具有明确的出资人代表。同时，国有资产也应该具有一般资产的产权要素：所有权、经营权、收益权和处置权。
要完善国有资产出资人制度，必须进一步明确：国资委不是政府的行政机构，与所辖企业的关系也不是行政隶属关系，更不是上下级关系，而是以国有股权为纽带，是股东与企业法人的关系，委托与代理的关系。国资委作为出资人代表，既要做到依法行使股东的权利，又要保证不越位、越权，对所辖国有资产享有收益权、重大决策权和经营者选择权。否则，如果还继续沿袭隶属关系式的行政干预，“老板加婆婆”的现象就会愈演愈烈，就会将企业管死，退回到改革的原点。不仅如此，由于国资委比过去政府部门的权力更大了，问题也可能变得更加复杂，一旦决策失误，造成的损失将更加严重。
完善出资人制度，还必须建立相应的责任机制。国资委每年必须向人大报告国有资产经营情况和国有资本经营预算执行情况。各级人大必须设立专门的审计、监督机构，对国有资本经营绩效进行评估、检查与监督。同时，建立责任追究制度，对由于决策失误造成国有资本经营损失的，要追究当事人的责任。尽管利益相关者公司治理理论本身并不完善，利益相关者参与公司治理的途径也处于实践探索中，但利益相关者治理已日渐成为各国公司治理发展的一种趋势。在我国公司治理的实践中，包括中小股东、债权人、职工等在内的利益相关者受到侵害的事件时有发生，因此，探讨利益相关者参与公司治理的机制与可行途径，已成为我国完善公司治理结构的紧迫任务。
继续推进产权制度改革，建立合理的公司股权结构 合理的公司债权结构，是建立公司内部制衡机制和有效监督机制的基础。我国上市公司普遍存在“一股独大”的状况，控股股东极易利用其控股地位侵占上市公司的资金，严重影响上市公司的经营，直接损害了上市公司和投资者的利益。必须积极推进股权多元化，改变上市公司“一股独大”的状况。然而，国际经验表明，股权过于分散也会导致内部人控制等问题。因此，我国企业产权改革必须从我国的实际出发，充分考虑我国国有企业特别是大企业多年累积形成的现实的产权状况，提倡和推进国有企业之间以及国有企业与非国有企业之间相互持股，在此基础上实现股权多元化、分散化、法人化。有效的公司治理需要有良好的制度体系与外部环境。从发达国家的经验来看，要实现公司治理的目标，需要有竞争性的产品市场和资本市场、活跃的公司控制权市场、管理人员的激励与监督机制，不仅需要健全的《公司法》，还需要严格的审计和财务信息披露制度、严格的反欺诈法规以及高效率和高水平的司法系统、行政监管机构和自律性组织。我国资本市场发展的时间不长，相应的法制建设也相对落后，行政监管机构和中介组织的公信力不够，司法系统效率不高。这些都必须从系统的角度加以改进与建设，为建立有效的公司治理结构创造良好的外部条件。
