主要区别是包括三方面：初始计量，对价差异的处理，以及商誉三方面。
1、初始计量的区别
同一控制下企业合并方应以合并日应享有被合并方账面所有者权益的份额作为初始投资成本。
非同一控制下企业合并应以购买方付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券的公允价值之和为初始投资成本。
2、对价差异的处理
同一控制下企业合并在确认了合并中取得的被合并方的资产和负债后，以发行权益性证券方式进行的该类合并所确认的净资产入账价值与发行股份面值总额的差额，应计入资本公积(资本溢价或股本溢价)。资本公积(资本溢价或股本溢价)余额不足冲减的，相应冲减盈余公积和未分配利润；
以支付现金、非现金资产方式进行的该类合并所确认的净资产入账价值与支付的现金、非现金资产账面价值的差额，相应调整资本公积(资本溢价或股本溢价)，资本公积(资本溢价或股本溢价)余额不足冲减的，应冲减盈余公积和未分配利润。
非同一控制下企业合并取得的资产、负债按公允价值计量;作为合并对价的非货币性资产在购买日公允价值与账面价值的差额计入当期损益。
3、商誉
同一控制下企业合并，不会产生商誉。
非同一控制下企业合并可能会产生商誉，合并成本大于可辨认净资产公允价值的差额确认为商誉，合并成本小于可辨认净资产公允价值的差额作为合并当期损益计入利润表。
参考资料：
企业合并可以分为同一控制下企业合并与非同一控制下企业合并，而同一控制下的企业合并实质上是同一集团下企业财产与资源的重新分配。
对于同一控制下的企业合并，在合并中不涉及自少数股东手中购买股权的情况下，合并方应遵循以下原则进行相关的处理：
(1)合并方在合并中确认取得的被合并方的资产和负债仅限于被合并方账面上原已确认的资产和负债，合并中不产生新的资产和负债。
(2)合并方在合并中取得的被合并方各项资产和负债应维持其在被合并方的原账面价值不变。
(3)合并方在合并中取得的净资产的入账价值相对于为进行企业合并支付的对价账面价值之间的差额，不作为资产的处置损益，不影响企业合并当期的利润表，有关差额应调整所有者权益相关项目。
(4)对于同一控制下的控股合并，应视同合并后形成的报告主体自最终控制方开始实施控制时一直是一体化存续下来的，体现在其合并财务报表上，即由合并后形成的母子公司构成的报告主体，无论是其资产规模还是其经营成果都应持续计算。
对于同一控制下的控股合并，在合并当期编制合并财务报表时，应当对合并资产负债表的期初数进行调整，同时应当对比较报表的相关项目进行调整，视同合并后的报告主体在以前期间一直存在。
参考资料来源：百度百科-同一控制下企业合并
参考资料来源：百度百科-非同一控制下企业合并
