北京协和医学院没有临床医学五年制这个专业。
协和医学院高考招生只设有两个专业：临床医学（八年制）专业和护理专业。
但是硕士和博士不只这两个专业，培养研究生的研究领域包括基础医学，临床医学，生物学，药学，公共卫生与预防医学，中西医结合，口腔医学，公共管理，生物医学工程，图书馆、情报与档案管理，科学技术与哲学等。设有6个博士后科研流动站，已获得生物学、基础医学、临床医学、药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学和中西医结合7个一级学科博士学位授权点。
自建校以来，北京协和医学院临床医学专业始终实行招生人数少、分段教学、导师制等独特的培养模式，学制为八年，前两年半是医学预科阶段，在清华大学学习，后五年半是医学本科阶段，在协和本部学习基础医学和临床医学课程。学生按规定修完全部课程（平均分80），完成论文答辩，通过大学英语六级，可获得医学博士学位。毕业证上两校盖章，既有清华大学的章，也有北京协和医学院的章。
18年，北京协和医学院的临床医学（八年制）专业进行招生培养模式改革，并开设试点班。试点班从北大、清华和中科大等国内外名校的非医专业本科生中选拔。学生经考试录取后，在本科第四年进入协和开始医学专业学习。
