合作关系。
2006年9月，北京协和医学院与清华大学实行紧密合作办学，可同时使用“北京协和医学院--清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位，并进入“211”和“985”工程建设行列。两校强强联合办学，共同探求中国高等医学教育改革的创新模式。
北京协和医学院，其隶属于卫生部。北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年创办；清华大学隶属于教育部，前身清华学堂始建于1911年，因水木清华而得名，是清政府设立的留美预备学校，其建校的资金源于1908年美国退还的部分庚子赔款。1912年更名为清华学校。
扩展资料：
中国协和医科大学与清华大学合作办学，但两校并未合并。“北京协和医学院—清华大学医学部”中的“北京协和医学院”部分来自原中国协和医科大学，“北京协和医学院—清华大学医学部”中的“清华大学医学部”部分来自清华大学医学院。
北京协和医学院不是清华大学医学部，清华大学医学院最终将成为清华大学医学部，届时北京协和医学院与清华大学医学部作为两个实体进行合作，共同建设“北京协和医学院—清华大学医学部”。
北京协和医学院不属于清华大学，北京协和医学院只有临床专业与清华大学合作，护理专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于北京协和医学院。清华大学医学院的药学专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于清华大学。
参考资料来源：百度百科—北京协和医学院
参考资料来源：百度百科—清华大学
