北京协和医学院与清华大学部分专业合作办学，两校及其院系互不隶属。
2001年创立的清华大学医学院，于2009年开始招收第一届八年制的“医学药学实验班”学生。2013年改为招收“医学实验班”，旨在培养具有创新能力和科研能力的新一代医师科学家，而北京协和医学院主要培养优秀的临床医生，两者是不同的两个实体。北京协和医学院的预科在清华大学生命科学学院。
2007年5月，根据教育部、卫生部共建协议，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院，鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用"北京协和医学院—清华大学医学部"的名称。更名后仍为独立法人单位，原隶属关系、人员编制、资产关系和经费管理体制保持不变。
目前北京协和医学院的官方网站使用北京协和医学院和中国医学科学院的名字，学院可同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位。
目前，北京协和医学院和清华大学联合培养八年制临床医学专业学生。北京协和医学院八年制临床医学专业学生在清华大学进行医学预科阶段的学习，前2.5年在清华大学生物系学习，后5.5年在北京协和医学院学习。北京协和医学院是教育部卫生部认可的具有授予临床医学博士的高等院校，八年制临床医学专业的学生在整个学习期间，拥有清华大学，北京协和医学院双重学籍，其学位证书盖“北京协和医学院”公章，毕业证书加盖“清华大学”、“北京协和医学院”两个公章。
