最本质区别是直线职能制车间与事业部制的事业部的权限不同。直线制的车间完全听命于厂长，而事业部制的事业部有一定自主权，能独立核算。
具体分析如下：
直线职能制是直线制与职能制的结合。它是在组织内部既有保证组织目标实现的直线部门，也有按专业分工设置的职能部门；但职能部门在这里的作用是作为该级直线领导者的参谋和助手，它不能对下级部门发布命令。这种组织结构形式吸取了直线制和职能制的优点：一方面，各级行政负责人有相应的参谋机构作为助手，以充分发挥其专业管理的作用；另一方面，每一级管理机构又保持了集中统一的指挥。但在实际工作中，直线职能制有过多强调直线指挥，而对参谋职权注意不够的倾向，应该注意规避。由于这种组织结构形式具有以上的优点，使得它在各国的组织中被普遍地采用，而且采用的时间也较长。我国时下大多数企业，甚至机关、学校、医院等一般也都采用直线职能制的结构。
事业部制，就是按照企业所经营的事业，包括按产品、按地区、按顾客（市场）等来划分部门，设立若干事业部。事业部是在企业宏观领导下，拥有完全的经营自主权，实行独立经营、独立核算的部门，既是受公司控制利润中心，具有利润生产和经营管理的职能，同时也是产品责任单位或市场责任单位，对产品设计、生产制造及销售活动负有统一领导的职能。
