清朝民国是道教衰落时期。 清朝统一全国后接受了佛教，对道教采取了严格的防范和抑制的政策。清初的顺治、康熙、雍正从笼络汉人的角度出发，抑制的程度较为宽松。顺治册封第52代天师张应京为正一嗣教大天师，册封全真道龙门派领袖王常月为“国师”。康熙沿袭了册封张天师的定制，但明令禁止跳神驱鬼等道术活动，给正一道很大的限制和打击。雍正是清朝唯一优待道教的皇帝，他主张利用儒道佛三教为统治服务，对道教的治世作用持肯定态度，宠信龙虎山道士娄近垣，也迷恋仙丹方术。
然而，从乾隆开始，满清皇室对道教的贬抑越来越强。乾隆宣布藏传佛教为国教，道教为汉人的宗教，他将正一真人的品秩由二品降为五品，对道教的活动限制不断加强，嘉庆、道光皇帝对张天师的地位继续贬降。鸦片战争后，国家落后衰弱，道教更是江河日下。咸丰、同治年间的太平天国运动，沉重地打击了江南地区原本昌盛的道教。
娄近垣是清朝正一道中唯一能以著述流传后世者，著有《龙虎山志》等，他提倡三教合一，特别融合禅学，主张性命双修，从无心、无住、无为为要点的性功入手，继而炼化精气来得道成真。清朝正一道的地位很低，但在民间影响很大，乾隆废除度牒制度后，传播到东北、新疆、台湾等边远地区。
全真道在长期沉寂之后，以龙门派为主体呈复苏之势。北京白云观方丈王常月以振兴教门、光复祖风为己任，开始了振兴全真道的阐教活动，吸引了大批道士到北京求戒，并率弟子南下传教，在西南、东北、西北等地建立支派。王常月是“龙门中兴”之祖，他的宗教思想体现《碧苑坛经》、《初真戒说》上，将内丹修炼理论贯穿于戒律说中，强调明心见性、无相法门，“戒行精严”是他的修道思想主体，又是他振兴龙门派的主要措施。
全真道在内丹学上成绩斐然，闵一得、刘一明著书立说发展丹道，李西月著有《三车秘旨》、《三丰全书》等，建立了内丹西派；柳华阳继承了明末伍守阳的内丹思想，形成了伍柳派。清朝全真道也走向了世俗化和民间化，兼行斋醮祈禳，谋取香火收入。
鸦片战争后，清室加封了一些道教神仙，如吕祖、文昌、关帝、妈祖等，促进了民间信仰的盛行。各种民间宗教延续明末的热潮，虽然派系繁多、思想复杂，但都与道教思想和组织有很大的关系，从某种意义上可称为变相的道教，如义和团、黄天教、红阳教、八卦教、混元教、天理教等。 中华民国建立后，取消了正一道首领正一真人的封号，政府对道教没有财政支持。新文化运动和“五四运动”中，陈独秀、鲁迅、钱玄同等人把道教作为封建迷信大肆抨击，道教思想受到极大的冲击。1928年，国民政府颁布神祠废存标准，决定废止老君、三官、吕祖、文昌、城隍等祠庙，道观数量大幅减少。
民国时期，道教为了适应时代的变化也曾仿效西方社会组织，企图建立全国性的道教组织。1912年成立了“中央道教总会”和“中华民国道教总会”，1947年全真道李理山和正一道张恩溥商议成立“中国道教会”，但由于教派和地域等因素，各种道教组织都昙花一现。
民国时期的著名道教学者有陈撄宁和易心莹。陈撄宁主编了《扬善半月刊》和《仙道月报》，在20世纪三十年代提出了独树一帜的“仙学”理论，认为仙学以神仙信仰为基础，是包括外丹和内丹的一门实验性质的学术。陈撄宁的仙学建立在传统道教的基础之上，又被赋予时代特色，通过弘扬中华传统文化瑰宝，达到复兴中华民族的目的。
民国时期道教徒发扬了爱国主义传统，在土地革命、抗日战争和解放战争时期，积极参加到各种爱国救亡运动之中。
