魏晋南北朝是道教的发展时期。 魏晋时期，对农民利用道教组织起义有了认识的统治者对民间的道教采取了利用和镇压并行的政策。曹操一方面给予张鲁及其子女臣僚优厚的待遇来笼络群众，一方面将张鲁及其教徒北迁来瓦解五斗米道的根据地，既让五斗米道的影响扩展到中原地区，又使其组织混乱、思想紊乱。
魏晋道教由于种种原因出现了分化和发展：
其一，道教被许多统治者接受，大批高级士族人士加入道教，出现了一些天师道世家。
葛洪是丹鼎派的集大成者，著有《抱朴子》、《神仙传》，为上层士族道教奠定了理论基础，并对后世道教的发展产生了很大的影响。葛洪对战国以来的神仙方术思想作了系统的总结，构造了种种修炼成仙的方法，将道教的神仙方术与儒家的纲常名教相结合建立了一套长生成仙的理论体系。
其二，高级士族把他们的思想带到道教中来，促使了魏晋玄学的盛行，上清派、灵宝派出现并迅速发展。
阮籍、嵇康、何晏、王弼等人以《易经》、《老子》、《庄子》为三玄著书立说，形成了新的道家流派——玄学。神仙方术与老庄玄学相结合，极大地促进了道教理论的发展。
东晋兴宁二年（364），杨羲声言南岳魏夫人降临，授予他上清众经，便与弟子对天师道进行改革，创立上清派。上清派以《大洞真经》、《黄庭经》为主要经典，以魏华存为祖师，尊奉元始天王、太上道君为最高神，在修炼上主张存思存神，通过炼神达到炼形，不重视符箓外丹。
以传授洞玄灵宝部经而得名的灵宝派，产生时间大致与上清派同时，创始人是葛玄。灵宝派以《五篇真文》、《度人经》为主要经典，将儒家伦理与修道方法结合起来，强调“齐同慈爱、国安民丰”，修炼方法既继承了天师道的符箓科仪，又受上清派影响讲究思神诵经。
其三，民间仍然传播着通俗形式的道教，并不断组织发动起义。巴蜀地区五斗米道继续发展，西晋时期李特、李雄领导关陇流民起义，得到青城山天师道首领范长生的大力支持。江南地区的道教也日渐活跃，于君道、帛家道、李家道和杜子恭一派的天师道都有很大的影响，399年天师道信徒孙恩、卢循领导了反对东晋王朝的起义，道教传播到岭南地区。 南北朝时期，天师道、上清派和灵宝派都需要通过整顿、改革，发展为成熟的宗教。
对北朝道教进行改造的是寇谦之，他宣称太上老君降临嵩山命其改革道教，在得到北魏太武帝（424—451在位）拓跋焘的大力支持后，以儒家礼教为总原则，对天师道进行改革：绝对禁止利用天师道作乱；整顿组织，加强科律戒规；增订斋醮仪范和戒律，用忠孝仁义作为道士的行为准则。改革之后的天师道被称为“北天师道”，太武帝尊奉寇谦之为国师，开创了北魏皇帝即位都要至道坛亲受符箓的制度。
北魏分裂为北周和北齐后，北齐高洋在天保六年（555）下令禁绝道教，使道教遭受沉重的打击。而北周统治者依靠关陇汉族立国，重视扶植道教，尤其是北周武帝宇文邕（560—578在位）最为崇奉，除了宠信张宾，还礼待楼观道士王延、严达。楼观道以关尹子为祖师，坚信老子化胡说，重视《道德经》、《妙真经》和《老子化胡经》，修炼上兼习丹道与符箓，从北周开始进入鼎盛时期。
对南朝道教进行改造的是与天师道、上清派、灵宝派都有渊源的陆修静，他在宋文帝（424—453在位）时期采取措施改革道教：编制《三洞经书目录》为道教经典的编纂创立了三洞、四辅、十二部的体例；在总结天师道原有斋仪的基础上，吸收佛教、儒家仪式，以“劝善戒恶”为宗旨建立了九斋十二法斋醮仪范；健全了道官按级晋升制度，创立了道教服饰制度。陆修静改革整顿后的天师道被称为“南天师道”，颇受统治者的青睐，灵宝派的影响力也超过了上清派。
陆修静和寇谦之的改革，使得道教的教规教戒、斋醮仪范基本定型，各种规章制度全面系统。
南朝梁时期的茅山高道陶弘景吸收儒、释思想，继续改造充实道教的神仙学说和修炼理论。陶弘景深受梁武帝（502—549在位）的尊崇，被称为“山中宰相”，他对道教做出了巨大的贡献：为道教建立了神仙谱系，编撰《真灵位业图》构建了一个系统的神仙谱系；通过编著《真诰》对道教的传授历史做了整理；发展了道教的修炼理论，主张形神双修、少私寡欲；弘扬上清经法，开创了茅山宗。 南北朝时期，外来的佛教和本土的道教不可避免地进行了正面交锋，在北朝表现为北魏太武帝、北周武帝的的灭佛运动，而南朝的佛道之争只是义理上的争辩。
北魏太武帝为缓和汉族士族和鲜卑贵族之间的矛盾，加上个人信仰道教，于太平真君七年（446）下诏废除佛教，毁灭佛寺诛戮僧侣。北周武帝为了实现“天下一统”，消除寺院经济泛滥的威胁，在建德三年（574）采取了废除佛教的措施，后又扩展到北齐境内。南朝的佛道争辩以南朝齐道士顾欢的《夷夏论》为标志，用老子化胡、尊汉贬胡来攻击佛教，后有道士假张融之名撰写《三破论》讽刺佛教“入国破国，入家破家，入身破身”，佛教徒也大量组织撰文驳斥道教徒的观点。
同时佛道之间也相互吸取、交流，道教吸收因果轮回、天堂地狱思想，佛教天台宗吸收了神仙方术，禅宗吸收了老庄玄学，佛经的汉译更是大量使用了道家术语。
