作为政治、军事、宗教团体三合一的条顿骑士团并非被外力灭亡，而是由一个日渐衰落的“骑士团国”演变成为普鲁士国家。
1410年7月15日，条顿骑士团与波兰、立陶宛、俄罗斯联军进行第二次坦能堡战役（又称格林瓦尔德战役），条顿骑士团大败，包括总团长在内的全部指挥官阵亡，从此一蹶不振。1466年结束战争的《托伦条约》规定，骑士团除赔款600万格罗申外，还要将其占有的普鲁士一分为二，西普鲁士并入波兰王国，东普鲁士仍由骑士团统治，但要对波兰国王称臣，成为波兰的附庸国。
1512年，来自勃兰登堡今德国东部霍亨索伦家族（后来的德意志帝国皇族）的阿尔布雷希特被选为条顿骑士团总团长，他是勃兰登堡选帝侯的近亲。在马丁·路德的影响下，1525年他宣布改信路德宗，从而切断了与骑士团名义宗主罗马教廷的联系。阿尔布雷希又辞去条顿骑士团大团长一职，将“骑士团国”改为普鲁士公国，并自任普鲁士公爵，成为臣服于波兰最高权力之下的世俗君主。
1701年，第六任普鲁士公爵腓特烈将普鲁士公国升格为王国，正式结束了与波兰的藩属关系，作为条顿骑士团之延续的普鲁士王国成为欧洲一支重要的政治军事力量，并将完成德意志的统一。
“骑士团国”成为世俗化的普鲁士公国后，条顿骑士团依然存在，不过，它已经发生了质变，和普通的宗教组织没什么区别了。现在的骑士团一共有大约1000名成员，他们主要从事慈善事业，包括照料病人和老人。目前骑士团分为意大利、德国、奥地利、捷克、斯洛文尼亚五个区进行管理，其总部设在奥地利的维也纳。
