一、《财务规则》与《会计制度》调整的对象不同
《财务规则》第1条明确提出，为了进一步规范事业单位的财务行为，加强事业单位财务管理和监督，提高资金使用效益，保障事业单位健康发展制定本规则。据此可以看出，财务规则针对的是事业财务管理，调整的是财务管理行为；《会计制度》第一部分总说明中第一条规定，为了规范事业单位的会计核算，保证会计信息质量，根据《中华人民共和国会计法》、《事业单位会计准则》、《事业单位财务规则》制度制定本制度。由此可见，《会计制度》针对的是事业单位会计工作质量，调整的是事业单位会计核算行为。
二、《财务规则》、《会计制度》在财务管理制度体系中的层级不同
《财务规则》是事业单位财务制度中顶层的制度设计，是事业单位财务管理方面的政策性设定，是所有事业单位必须遵循的财务制度。而《会计制度》则是中层的制度设计，是会计方面的具体核算方法的设定，是所有事业单位必须遵循的会计制度。
三、《财务规则》与《《会计制度》在内容上涵盖的范围不同
财务和会计是两个不同的概念，尽管两者都与资金的运行有很大关系，但范畴是不同的。《财务规则》涵盖了财务活动的所有方面，包括单位预算管理、收入管理、支出管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理、事业单位清算、财务报告和财务分析、财务监督等活动。而《会计制度》则仅涵盖了会计要素包括资产、负债、净资产、收入、支出或者费用几个方面。财务活动包含会计核算，会计核算仅仅是财务活动中的一个重要的方面。
四、《财务规则》与《会计制度》在实际执行过程中各有侧重
《财务规则》侧重于财务管理，事业单位根据上级下达的财务指标，结合市场和本单位的实际情况，编制预算，按规定来源取得资金，并按规定用途加以使用等，这有利于加强财务管理，提高资金使用效益。《会计制度》侧重于新核算体系中的会计科目，通过会计科目的划分，将复杂的业务活动进行科学的分类，以为事业单位报表使用者提供有用的信息。
