TV 出场
001 云霄飞车杀人事件
128 黑衣组织十亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 谜一样的乘客（前篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
345 与黑衣组织的直面对决 满月之夜的二元推理
425 黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
497 红与黑的碰撞 觉醒
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
504 红与黑的碰撞 殉职
579 黑色13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标
OP16
OP17
剧场版出场
M 5 通往天国的倒计时
M 13 漆黑的追踪者
OVA、特辑出场
OVA 9 十年后的陌生人（出现在长大柯南的回忆里）
特辑：与黑衣组织的对决历史（Black History）
真人版出场
真人版单发第二部《工藤新一复活！与黑暗组织的对决》（扮演者：佐佐木藏之介）
