第001集：云霄飞车杀人事件
第128集：黑衣组织十亿元抢劫事件
第129集：来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
第176集：与黑衣组织的再会（灰原篇）
第177集：与黑衣组织的再会（柯南篇）
第178集：与黑衣组织的再会（解决篇）
第230集：谜一样的乘客（前篇）
第311集：与黑衣组织的接触（决死篇）
第345集：与黑衣组织的直面对决 满月之夜的二元推理
第425集：黑色的冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间 琴酒袭击工藤新一
第464集：黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
第465集：黑衣组织的影子 珍珠的流星
第497集：红与黑的碰撞 觉醒
第499集：红与黑的碰撞 伪装
第500集：红与黑的碰撞 遗言
第501集：红与黑的碰撞 嫌疑
第502集：红与黑的碰撞 洁白
第504集：红与黑的碰撞 殉职
第579集：黑色13的暗示
第580集：逼近的黑之时限
第581集：摇曳的红色目标
剧场版5――《通往天国的倒计时》
剧场版13――《漆黑的追踪者》
OVA9 ：十年后的陌生人（出现在长大柯南的回忆里）
特辑：与黑衣组织的对决历史 BLACK HISTORY
