区别：
1、品级不同。总督一般是正二品，但巡抚却一般是从二品。当然，总督和巡抚都还有另加衔，但一般情况下，即使是有另加衔，也是总督经常另加“尚书衔”，兼都察院右都御史；而巡抚却是经常另加“侍郎衔”，兼都察院右副都御史。
所以，从中我们就不难看出，总督要比巡抚级别高。并且，都察院这个机构也就相当于咱们现在的中纪委，而其最高长官一般都是“右都御史”，而不是“右副都御史”。
2、总督：一般而言管理数省的最高行政长官，兼管军民要务。如果非要类比，可以用建国以后六大局的第一书记来类比(建国后中国分为六大局:中南局，西南局，华东局，华北局，东北局，西北局)。巡抚：一省的最高行政长官，也是兼管军民要务，大概相当于现在的省长兼省委书记。
扩展资料：
总督，通常指一个国家的某片相对自主的区域中实际或名义上的最高行政长官。许多国家都有或曾经有设置总督职位。清朝时对统辖一省或数省行政、经济及军事的长官称为“总督”，尊称为“督宪”、“制台”等，官阶为正二品，但可通过兼兵部尚书衔高配至从一品。
与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省，同时在政务之外也兼掌军务。有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。此外明清也有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。
参考资料：总督_百度百科
