不能开红字发票了。
对认证时已超出90天认证期限的专用发票，由于无法认证，不得申请出具《通知单》，也就是说不能申请开具红字发票了。
《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第47号
)第一条规定，增值税一般纳税人开具增值税专用发票后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理:
销售方开具专用发票尚未交付购买方，以及购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方可在新系统中填开并上传《信息表》。销售方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
分析上述规定，尚未交付购买方的增值税专用发票需要开具红字发票，必须在“认证期限内”上传《信息表》的规定已经作废。
2016年47号公告中并没有规定必须在“认证期内”，从文件上说超过认证期限未认证的发票也可以开具红字发票了，虽然可以从增值税发票管理新系统中开出，但是超期未认证抵扣，开具红票后重新开具蓝字发票，再行抵扣的行为可能会给企业带来涉税风险。所以建议取得所属税务机关同意后，再行开具红字发票。
销售方凭通知单开具红字专用发票。因此，对认证时已超出90天认证期限的专用发票，由于无法认证，不得申请出具《通知单》。
扩展资料
不符合作废条件的，可根据下列要求开具红字增值税专用发票：
1、可申请开具红字增值税专用发票的范围
购买方取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，以及销售方因多次抄税，已抄税的发票在当月不能按作废处理的，或者因销货部分退回及发生折扣折让行为的，可向主管税务机关申请办理开具红字增值税发票的有关事宜。
2、开具红字增值税专用发票的流程
购买方应先向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》），主管税务机关进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》）。销售方凭购买方提供的《通知单》方可开具红字专用发票。
购买方向主管税务机关申请出具《通知单》时，应提供以下资料：
（1）《申请单》（应加盖购买方财务专用章或发票专用章）；
（2）对应蓝字发票原件及复印件（复印件上应加盖购买方财务专用章或发票专用章）；
（3）涉及退货、索取折扣折让的，应提供相关合同、协议原件及复印件（复印件上应加盖购买方公章）；
（4）对应蓝字发票相关记账凭证原件及复印件（复印件上应加盖购买方财务专用章或发票专用章）；
（5）承诺书（表明该笔业务确系真实退货，若实际未发生退货，承诺不抵扣。仅适用于“超期发票”。）
（6）主管税务机关要求报送的其他资料。.
主管税务机关审核后，退回原件，复印件与《申请单》第二联留存。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填报《申请单》时可不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，购买方在填报《申请单》时应填写具体原因及相对应的蓝字专用发票信息。
购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票，需要开具红字发票的，由购买方填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具《通知单》。
购买方主管税务机关开具《通知单》时，对实际发生退货或销售折让，抵扣联未经认证，且已超过认证期限的，应在《通知单》上注明“超期发票”字样。注明“超期发票”的《通知单》开具只能由购买方提出申请。
主管税务机关出具的《通知单》一式三联并加盖主管税务机关印章：第一联由购买方主管税务机关留存；第二联由购买方送交销售方留存；第三联由购买方留存。
开具有“超期发票”字样《通知单》的主管税务机关，应按月审核相应业务发生情况，对实际未发生退货或销售折扣折让，属超期换票行为则不予抵扣进项税款。
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