第一部（包括橘子群岛，成都联盟等）：
01. 神奇宝贝，就决定是你了！（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘）
03. 收服神奇宝贝！（小智收服绿毛虫并进化成铁甲蛹， 收服比比鸟）
04. 武士少年的挑战（小智的铁甲蛹进化成巴大蝴）
10. 神奇宝贝乡的妙蛙种子（小智收服妙蛙种子）
11. 走失的小火龙（小智得到小火龙）
12. 杰尼龟军团（小智收服杰尼龟）
13. 正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
25. 火爆猴，别生气哦!（小智收服火爆猴）
30. 小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
35. 迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
42. 椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）
45. 复活？化石神奇宝贝（小智的火恐龙进化成喷火龙，得到蛋）
76. 神奇宝贝联盟开幕！水之场地（小智的大钳蟹归队，小智的大钳蟹进化成巨钳蟹）
82. 真新镇，新的开始（比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）
85. 拯救乘龙（小建加入，小智得到乘龙）
95. 大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
120. 赫拉克罗斯对抗大甲（小智收服赫拉克罗斯）
127. 好胜的菊草叶（小智收服菊草叶）
152. 小锯鳄是谁的？小智对抗小霞 （小智收服小锯鳄，小霞的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙）
155. 抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
200. 再见了菊草叶，电气的迷宫（菊草叶进化成月桂叶）
229. 在神奇宝贝劲速赛中向前冲！（小智得到蛋）
231. 蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
第二部：
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG07.木守宫的森林！保护大树！ （小智收服木守宫）
AG23.海边的捣蛋鬼 龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG58.突破钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇（小智收服煤炭龟）
AG66.一触即发！爆音怪VS森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）
AG80.首度挑战！空中竞技 神奇宝贝圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）
AG123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）
AG108.抓住雪童子！（小智收服雪童子）
AG154.震撼！吃惊！电击怪（小小象进化成顿甲）
AG161.森林蜥蜴VS热带龙！草原的决斗！（森林蜥蜴进化成蜥蜴王）
AG182.小遥对小瞬！最后的战斗！（小智收服长尾怪手，小遥止步石英华丽大型庆典前4强）
第三部：
DP02.寻找皮卡丘！202号道路！（小智收服姆克儿，小次郎得到尖牙笼，小刚归队，真司登场）
DP05.收服草苗龟（小智收服草苗龟）
DP13.姆克儿加油！（小智的姆克儿进化成姆克鸟)
DP52.双打对战！最终对决！（小智得到小火焰猴）
DP55.长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！（小光的泳气鼬和小智的长尾怪手交换）
DP64.天蝎王与天蝎，冲出风之迷宫！（小智收服天蝎）
DP85.天蝎！友情之翼！（天蝎进化成天蝎王）
DP100.草苗龟、树林龟…然后土台龟！（草苗龟进化成树林龟）
DP118.神奇圆环！天空大决战！（姆克鸟进化成姆克鹰）
DP132.全面对战！真司对小智！（后篇）（小火焰猴进化成猛火猴）
DP157.收服到圆陆鲨了！（小智收服圆陆鲨）
DP163.爆发进化！烈焰猴！（猛火猴进化成烈焰猴）
DP166.前进！湖滨塔！（树林龟进化成土台龟）
DP182.激战前夜！小智的神奇宝贝大集合！（小智的火球鼠进化成火岩鼠）
第四部：
BW02.艾莉丝与牙牙!!（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘的神奇宝贝现身!!（东·乔治登场，小智得到暖暖猪）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?（小智收服藤藤蛇）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到蛋）
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!（小智的蛋孵化成滑头小子）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包)
BW22.飞云市!百足蜈蚣恐慌!!（豆豆鸽进化成波波鸽）
BW32.蓝蟾蜍、泥巴鱼!水边的战斗!!（小智收服蓝蟾蜍，天桐收服泥巴鱼）
BW34.石丸子!发射光泽电炮吧!! （小智收服石丸子）
BW61.地底的道馆赛！VS压坤！（石丸子进化成地幔岩，小智得到颤抖徽章）
BW65.双打比赛！皮卡丘·混混鳄VS蜈蚣王·蟾蜍王！（小智收服混混鳄）
BW68.吹寄道馆！VS风露 空中决战!（波波鸽进化成轰隆雉鸡，小智得到喷射徽章）
BW74.救出牙牙！铁蚁的巢穴！（宝包茧进化成保母虫）
BW77.燃烧的记忆！暖暖猪VS炎武王！（暖暖猪进化成炒炒猪）
