故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小魔怪使用执照，并从小魔怪学家大木博士手中领取一只小魔怪。
小智为了要成为一流的小魔怪指导员而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它晚了一岁。
好不容易从博士那里领来没人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和皮卡丘建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤。
小智带着受了重伤的皮卡丘来到常盘市治疗中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队—武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝—阿柏蛇及瓦斯球，外交加一只喵喵。
但是小智及小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的皮卡丘终于 恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水。
