区别在于以下几点：
1、土地性质：
自建房要看土地性质而定，分为农村集体用地宅基地自建房和国有土地拍后自建房；
符合上市交易的商品房是国有土地出让，还有小产权房（销售人员谎称为商品房可以销售，实际上是违反相关规定的）
2、房屋所有人：
自建房所有人肯定是建房者自己；
而商品房是属于开发商，再售卖办证后才属于购房者。
3、报建审批程序：
农村是集体所有制土地，你是本村的人，就有土地所有权，村集体同意，国家土地部门备案后，你就可以自建房；
商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。
4、是否可销售
农村集体用地自建房是不能销售的，而其土地仅能在本地转让；商品房持有合法手续及相关证件后可以上市销售。
5、管理部门：
自建房管理部门就看当地的规定，城市不同管理部门也不同；
商品房管理部门是房管局或相关房产管理部门。
以上内容仅供参考。
