部门经理擅自辞退员工，合法的可以追认，违法的应予以纠正。
员工是与用人单位建立劳动关系，用人单位才有权对员工进行劳动管理。而用人单位对员工进行劳动管理，是通过其管理人员来实现的。部门经理对部门员工进行一定的劳动管理，是基于公司的授权，对本部门员工本部门内工作进行管理。
对于员工的劳动关系的解除，应当由能够代表单位行使权利的领导或者部门进行，部门经理可以提请具有权限的部门或者权作出决定的领导辞退本部门员工，但不得擅自辞退本部门员工。
但是， 在法学上，有一个词叫表见代理，即行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止以后，以被代理人的名义从事代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效。部门经理行为虽然超越了代理权，是一种无权代理的行为，故是无效的。对于司法部门来说，部门经理即使超越了其管理职权，但基于其这种特殊的公司管理人员的身份，劳动者有理由相信部门经理是有这个管理职权的，部门经理的越权行为会被认定为单位行为，由单位承担相应的法律责任。
因此，部门经理擅自辞退员工，HR应当应当及时弄清事实，向分管领导报告，提出处理意见经批准后进行处理：
一、部门经历辞退行为符合法律规定的，补办手续，进行确认。
二、部门经理辞退行为不合法的，及时给予纠正。建议分管领导或者部门或者本部负责人约谈被辞退员工，告知员工部门经理其实是无权辞退员工，辞退行为无效，让员工确认离职流程没走完单位决定让员工复工。
如果员工已经办理完工作交接，并填写了离职表，并实际离职，而员工要求给予赔偿，或者提起劳动争议仲裁，不愿意复工的，部门经理的越权行为会被认定为单位行为，单位必须承担相应的法律责任。
三、对部门经理的越权行为，公司应当给予必要的惩戒，违法辞退导致单位承担赔偿金的，可以要求部门经理适当承担一部分。
《民法通则》
第六十六条 没有代理权、超越代理权或者代理权终止后的行为，只有经过被代理人的追认，被代理人才承担民事责任。未经追认的行为，由行为人承担民事责任。本人知道他人以本人名义实施民事行为而不作否认表示的，视为同意。
代理人不履行职责而给被代理人造成损害的，应当承担民事责任。
代理人和第三人串通，损害被代理人的利益的，由代理人和第三人负连带责任。
劳动部
《工资支付暂行规定》
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
