劳动合同没了,公司按照入职时间跟员工补签，可是员工不愿意补签怎么办

劳动合同依法签订后，应于15日之内到劳动行政部门备案。
所以即使劳动合同没了，一旦发生劳动纠纷，以劳动行政部门备案的那份合同为准。
此外，劳动合同依法应用人单位和劳动者本人各持一份，劳动合同发给劳动者时应签署劳动合同签收单，也可以作为双方已签订劳动合同的证据。
为了进一步避免用人风险，可将此情况书面说明，要求员工补签合同，部门主管及同事作为证明人在上面签字。如果该员工仍然拒签，可认为有单方面解除劳动合同的意愿，按辞职程序往下谈。晓之以理，动之以情，让员工知难而退，补签劳动合同当然是最好结果。