宋朝中枢机构为“二府制”，即设中书和枢密院两个机构“对持文武二柄，号为二府”。二府制的特点就是文武分权。
宋朝的“中书”，与唐朝的“中书门下”性质相同，是宰相办公的地方。中书之外，尚书、门下两省名号虽存，但已成外朝，不是宰相机构。 宋初，沿袭唐朝后期制度，以“同中书门下平章事（简称“同平章事”）为宰相，而以参知政事为副相。从尚书丞。郎到三师皆可加此等衔为宰相或副相。尚书令、侍中、中书令等三省长官，品高位重常“缺而不置”。 元丰改制，以尚书左仆射兼门下侍郎行侍中事，为首相；以尚书右仆射兼中书侍郎行中书令事，为次相。名义上恢复三省，实际上趋于一省，次相以兼中书侍郎因请旨而更接近皇帝。副相，包括门下侍郎、中书侍郎和尚书左、右丞。徽宗时，一度将首相改为太宰，次相为少宰。 南宋初年，以尚书左、右仆射同中书门下平章事为宰相，门下侍郎。中书侍郎并改为参知政事为副相，废尚书左、右丞官。从宰相官称来看，三省已并为一省。孝宗时，索性将尚书左、右仆射同中书门下平章事改为左、右丞相，参知政事未变（左右丞相，唐玄宗时为尚书省长官，宋为中书的长官）。 宋朝还有一些特殊宰相官称。蔡京权势最盛时曾任“太师总领三省事”，文彦博、吕公著曾以元老任“平章军国重事”和“同平章军国重事”。南宋韩侂胄当权时，曾任“平章军国事”。他不用军国“重”事称号，因为加上“重”字测权力受限制，只能过问重事；用“同”则权力不专。蔡、韩的称号都是权臣耍弄权术的一种伎俩，并非宋朝常制。 枢密院的由来，也不一般。唐朝有左、右内枢密使，向由宦官担任。唐朝后期的枢密院是在三省之外复有一省，内枢密使是在宰相之外复有宰相，是正常国家机构之外的多余机构，是君主专制制度下宦官擅权的产物。唐末朱温在夺取政权之前，把掌握朝廷实权的宦官杀掉，改用文士为枢密使；同时使枢密使由全面掌权改变为专管军事。宋朝继承了五代的制度，也设立了专管武事的枢密院这一机构和枢密使这一职官。二府制下枢密使的设置，分了宰相的权，形成文武分权；同时又侵夺了原来专管军事的兵部的权力，宋朝枢密院长官自称“本兵”。 枢密院长官的官称，宋初为枢密使和枢密副使，或称知枢密院事、同知枢密院事、签书（署）和同签书枢密院事。元丰改制，专用知枢密院事、同知枢密院事等官称。改制时，曾讨论枢密院机构是否继续存在，有人建议把权力合并于兵部。神宗强调祖制，他说：“祖宗不以兵柄归有司，故专命官统之，互相维制，何可废也？”因而元丰改制时唯独把枢密院这一机构保留了下来。宋朝的枢密使、知枢密院事照例用文人充任，副职有时用武人，充分体现了重文轻武的政制特点。
宋朝有“宰执”这一提法，是宰相和执政的合称。宰指宰相，只限于同平章事、尚书左仆射兼门下侍郎和尚书右仆射兼中书侍郎，以及南宋的尚书左、右仆射同中书门下平章事和左、右丞相等首相和次相。副相包括参知政事，门下侍郎，中书侍郎，尚书左、右丞，与枢密院正副长官，合称“执政”。 宋初，中书和枢密院对掌文武二柄，权力不能合在一起，因此无宰相兼枢密使的情况。后来因用兵西夏，宰相与枢密院长官不相通气，对军事指挥不利，于是在庆历年间一度由宰相兼枢密使。西夏用兵结束，又恢复原状，兼职没有形成制度。到了南宋，一些权臣如秦桧、史弥远、贾似道等都曾以宰相兼任枢密使，但还不是定制。宁宗以后，宰相兼枢密使才成为定制。宰相不能兼枢密使，是防止大臣权重威胁皇权。后来权臣兼任两职，确实曾使皇权受到影响。宋朝军事制度的特点之一是兵权由几个机构分管，各部门权力分散，权力集中于皇帝。宋朝负责管理军事有关事务的有四个部门。枢密院负责军令、调动和高级军官的任免；“三衙”统率禁军；兵部负责后勤事务和管理地方的厢军；吏部负责武官铨选（武选唐朝归兵部管，宋朝元丰改制前由审官西院管，改制后权归吏部）。
宋朝实行募兵制，士兵的来源有多种。其中一种，就是每逢有饥荒，从饥民中招募士兵，补本城。宋朝政府对从饥民中招募士兵的办法很得意，说是“天下犷悍失职之徒，皆为良民之卫”，也就是说把社会上的可能反抗者变为镇压者，一举两得。宋朝还有个从后周时代遗留下来的传统，就是从地方厢军中选拔出强壮者充实到中央禁军。这种作法被称作“强干弱枝”，也是宋朝军事制度的一个特点。
另外，宋太祖赵匡胤“惩藩镇之弊，分遣禁旅戍守边城，立更戍法，使（士兵）往来道路，以习勤苦，均劳逸。故将不得专其兵，兵不至于骄堕”。这种办法可收到“兵不知将，将不知兵”的效果，免去将官专权的威胁，但对作战十分不利。神宗即位知其弊，才废除了这种办法。
南宋初，允许将领募兵，于是有了岳家军、韩家军的出现。这触犯了宋王朝的大忌讳，有成为私人武装的危险。因而南宋有收回张俊、韩世忠、岳飞三大将兵权的举动。岳飞有大功于国，却被以“莫须有”的罪名而杀害。
“三衙”，即侍卫亲军殿前司、侍卫亲军马军司和侍卫亲军步军司，是中央统率禁军的三个机构。除殿前司单独有最高级的军事职官都点检、副都检点（后不置）外，各衙的长官是都指挥使、副都指挥使和都虞候。禁军分布在各地驻防。统率军队的率臣，有都总管、总管、副总管（初名部署，后避英宗讳改称总管）等军事职官。宋朝制度，军事正印官，一律由文官兼任，武人只能充当副职。
厢军的长官亦称都指挥使、副都指挥使。但厢军均是老弱，无战斗力，兵士地位甚为低下，有如“给役”（只是一种“听差”）。
南宋置御营司，自收三大将兵权后，诸军皆冠以“御前”二字，其将领为都统制、统制、副统制和统领。
