三省再度趋同，是元丰改制后宰相机构的演变方向。此后，宋代宰相制度最终完成了从三省制到一省制的转变。
1、三省制的不合理性。
三省制的发生和发展，正如前文介绍，并不是同时出现，并举并重，而是各领风骚，相互排斥的。政归中书，尚书省便有被逐渐架空的危险；侍中参政，便分割了中书的权力。在隋代之前，并不存在着地位对等的三省制，所以，此前三省制的弊病也没有充分暴露出来。至隋朝，方企图建立均衡的三省制，唐初沿袭之，三省制的弊病才彻底暴露出来。因此，三省制内部就进行着自我调整，很快就向二省或一省制演化。北宋前期官僚，离唐初完整的三省制已约有三百多年历史，他们对这项制度的理解有许多隔膜之处，他们要求恢复三省制，更多的是一种传统的“厚古薄今”保守思潮的体现，所以，嘉佑三年（1058）十二月知制诰刘敞等上条奏要求变革官制时，干脆要求恢复到秦汉古制，说：“唐制虽以尚书、中书、门下三省长官为宰相，然尚书、中书之名，本非宰相之实，即欲改正官制，仍须别立政事府，如丞相之类”（《长编》卷188）。
三省体均，平分事权，相互制衡，始终是一种理想化的境界。在实际操作中，不可能完全真正体现。如果真正做到三省体均，必然加重相互扯皮、推委搪塞、效率低下等机构官僚病。即使一定程度的体现，也必然相互争权，使彼此间的矛盾日益趋于尖锐化。官制改革初期，王安礼就对神宗说：“政畏多门，要当归于一，特所经历异耳。今也别而为三，则本末不相见，是何异秦、齐二王教与诏敕杂行，安所适从？”（《长编》卷327）于是，在实际操作中，便有所调节，中书省地位依然独尊，“政柄尽归中书”（同前），以减少三省之间的矛盾冲突和机构官僚病。这既是二省争权的结果，也是实际操作过程中机构所发挥的一种自然调节功能。其后，也有权归左相或合二相权力于一人的时候。但是，神宗重新确立三省制、分割事权的旨意同样得到一定程度的贯彻实施。其中，因为尚书左右仆射分兼门下、中书二省长官，尚书省自然很容易与其它二省取得一致的步调，三省之间的矛盾冲突集中体现在中书和门下二省的相互争权夺利之中。
宋人已经深刻认识到三省制的不合理性，《古今源流至论》后集卷2《三省》概括三省制在实际运作过程中权力偏于一端的三大弊病云：
元丰正名，三省并建，分职设局，如贯绳然。然愚所深惜者，小人用事，托公济私，其弊有三，盖不可不论。且王珪以左仆射兼门下侍郎、蔡确以右仆射兼中书侍郎，二省宜相兼矣。夫何确专政柄，惟重中书，凡有除吏，珪不与闻。盖仆射为相，命令进拟，皆所由出，安有省复之举。二省进对，同得预闻，既已奉行，又复有审驳之理，此事权所以尽归于右仆射之手，蔡确偏重右相之弊一也。自吕公著有同舟共济之说而执政皆协力。又韩缜以犹子避亲，改授之命，而三省同取旨，三省宜同心矣。夫何子厚任左仆射，有欲更分班奏事之制者，子厚惧权之去已，乃曰：此先帝之志不可易。故终哲宗之世，不置右仆射，而文书有合送中书取旨者，则以为无条有例，由尚书省径上，但过门下而已。蔡京奸臣尤而效之，子厚偏重左相之弊二也。又有甚者，京相既久，奸谋日长，请改左仆射为太宰、右仆射为少宰，自以太师兼总三省，号为“公相”。宰执大臣皆居其下，肆其无忌惮之心。噫！可叹也。是则蔡京偏重公相之弊，其变已三，流害尤甚欤。嗟夫！右相偏重之弊王珪非不言之，言之卒不胜；左相偏重之弊李清臣非不辨之，辨之卒不能；至公相专恣之弊，宣和诏令非不言罢，而或以为噬脐之悔。甚至绍兴权臣窃之，开禧权臣又窃之，识者盖为浩叹。
同时，因为将原来中书门下的职权一分为三，冗官问题非但没有解决，甚至有所增加。元佑三年（1088），翟思上言说：“今天下之事，其烦简多寡，盖无异于改制之前。然昔以一官治之者，今析而为四五；昔以一吏而主之者，今增而为六七。故官愈多而吏愈众，禄愈广而事愈烦。每朝廷文移下尚书省，又付吏部，又下寺监，又下所领库务。自下而达上者亦然。”（《山堂考索续集》卷29《官制门》）改制欲简省官吏的目的，并没有很好地得到落实。
2、三省的趋同演变。
实际操作过程中的弊端，促使三省制再次发生变化，趋向合一。
三省再度趋同演变的第一步是由三省分班奏事改为三省合班奏事。神宗改制，三省各行其是，由皇帝统一操纵，实际上是分割宰相事权、扩大皇权的一种措施。神宗去世，哲宗以8岁幼龄登基，当然无法如神宗似的指挥三省，尚书左丞吕公著即上言说：
唐太宗用隋制，以三省长官共议国政，事无不总，不专治省事。国朝之制，每便殿奏事，止是中书、枢密院两班。昨来先帝修定官制，凡除授臣僚及兴革废置，先中书省取旨，次门下省审覆，次尚书省施行，每各为一班。虽有三省同上进呈者，盖亦鲜矣。此盖先帝临御岁久，事多亲决，执政大臣大率奉行成命，故其制在当时为可行。今来陛下始初听政，理须责成辅弼。……令三省执政官同上奏禀，退就本省，各举官制施行。（《长编》卷358）
吕公著的建议被垂帘听政的太皇太后接受，诏“应三省合取旨事及台谏章奏，并同进呈施行。”（同前）三省合班奏事，更需要的是三省长官之间的协调合作，而不是皇帝在其间的操纵把握。由于尚书省左、右仆射兼中书省和门下省长官，实际上只是中书省和门下省的长官合班奏事。北宋后期，宰相奏事往往称“中书、门下省言”①。
三省再度趋同演变的第二步是中央出现独相的格局，左、右仆射中只设一位，三省权力在实际上逐渐归拢到一个核心。这种格局首先出现在哲宗亲政期间，中央一直只设左仆射，由章敦出任。不过，哲宗信任知枢密院事曾布，遇事多与曾布商议，唯一的权力核心尚未形成。至徽宗政和二年（1112），蔡京以太师兼总三省，号为“公相”，“总理三省众务，使宰辅丞弼殆成备员”（《宋朝事实》卷3《诏书》），三省权力在实际操作中已经合并为一。宣和七年（1125）四月，因蔡京再度致仕，徽宗发布诏书，明确“公相”设置的不合理性，重申神宗制定的三省制度，说：“三省并依元丰成宪，毋复侵紊。敢辄议者，以大不恭论。”（同前）蔡京等人的所为，使三省合一在现实操作中成为可能。
三省再度趋同演变的第三步是中书与门下二省的合并为一。三省分设，中书出令，尚书执行，二者之间无太多的矛盾。中书出令，门下驳议，二者之间则往往容易出现相互争执、争持不下的局面，中央行政机构的工作效率就自然会降低。如果是朝廷要事、急事，这种争持必然会贻误事机。在皇帝与二省大臣的讨论中，对中书与门下的制衡关系也时常出现“虑成重复”的顾忌。于是，在具体操作过程中便有所调节。神宗改制初，元丰五年（1082）九月七日便下诏：“凡指挥边事，更不送门下省复奏。”（《宋会要·职官》2之4）而后，“一曰机速更不关录门下省，一曰急速更不录送门下省”（《宋会要·职官》1之39）之类的事情经常发生。门下省给事中的书读、封驳之职，也常常被无意或有意地忽略。如元佑元年（1086）闰二月，给事中范纯仁提意见说：“近除门下侍郎吕公著文字，并不经臣书读，兼不得见。”朝廷因此重申“画黄送门下省”之制度（《长编》卷368）。同月，除安焘知枢密院敕命，因门下省封驳，干脆便“更不送给事中书读，令疾速施行”（《长编》卷370）。甚至，“凡命令之出于门下者，预列衔，使书名而徐填其事，谓之‘空黄’。”（《宋史》卷353《张叔夜传》）部门的作用，已如同儿戏。门下省逐渐被架空，政事清简，元佑六年（1091），门下相吕大防甚至因“门下事简”，欲隔日一至都省，与此相对，则是“中书事繁”（详见《长编》卷455）。而尚书省又听命于中书省，三省合一的趋势日渐明显。
此外，三省长官相互兼职，也容易出现各部门权力重复，有名无实等弊病。叶梦得《石林燕语》卷3分析说：
左右仆射既为宰相，则凡命令进拟，未有不由之出者。而左仆射又为之长，则出命令之职，自己身行，尚何省而复之乎？方其进对，执政无不同，则所谓门下侍郎者亦预闻之矣，故批旨皆曰：“三省同奉圣旨”。既已奉之，而又审之，亦无是理。门下省事惟给事中封驳而已，未有左仆射与门下侍郎自驳已奉之命者，则侍中、侍郎所谓省审者，殆成虚文也。元佑间，议者以诏令稽留，吏员冗多，徒为重复，因有并废门下省之意。后虽不行，然事有当奏禀，左相必批送中书，左相将上而右相有不同，往往或持之不上，或限送不受，左相无如之何，侍郎无所用力，事权多在中书。自中书侍郎迁门下侍郎，虽名进，其实皆未必乐也。
针对三省制重新确立后中央权力行使过程中出现的弊病，朝中大臣则提出了重新合并三省的主张，具体落实为中书与门下二省的合并。元佑四年（1089）八月，“司马康奏其父（司马）光遗稿，其一，乞合中书、门下两省为一，盖光与吕公著、韩维、张璪同具奏。”奏疏分析了三省制发生、发展、趋同之过程和神宗改制前的官制之后，认为三省合一，“至于国朝，莫之能改。非不欲分也，理势不可复分也。”神宗改制后，许多弊病便暴露出来，奏疏说：
神宗皇帝以唐中叶以后，官职繁冗，名器紊乱，欲革而正之，诚为允当。然但当据今日之事实，考前世之讹谬，删其重复，去其冗长，必有此事，乃置此官，不必一依唐之《六典》，分中书为三省，令中书取旨，门下复奏，尚书施行。凡内降文书及诸处所上奏状、申状至门下、中书省者，大率皆送尚书省。尚书省下六曹，付诸案勘当，检寻文书，会问事目。近则寺监，远则州县，一切齐足，然后相度事理，定夺归著，申尚书省，送中书取旨。中书既得旨，送门下省复奏画可。然后翻录下尚书省，尚书省复下六曹，方得符下诸处。以此文字太冗，行遣迂回，近者数月，远者逾年，未能结绝。或四方急奏待报，或吏民辞讼求决，皆困于留滞。又本置门下省，欲以封驳中书省录黄、枢密院录白，恐有未当。若令举职，则须日有驳正，争论纷纭，执政大臣遂成不协。故自置门下省以来，驳议甚少。又门下不得直取旨行下，虽有驳议，必须却送中书取旨。中书或不舍前见，复行改易。又内批文字及诸处奏请，多降付三省同共进呈，则门下之官已经商量奏决，若复有驳正，则为反复。又近日中书文字，有急速者，往往更不送门下省，然则门下一官殆为虚设，徒使吏员倍多，文字太冗，无益于事。臣等今众共商量，欲乞依旧令中书、门下通同职业，以都堂为政事堂。每有政事差除及台谏官章奏，已有圣旨三省同进呈外，其余并令中书、门下官同商议，签书施行。事大则进呈取旨降敕札，事小则直批状指挥，一如旧日中书门下故事。并两省十二房吏人为六房，同共点检钞状，行遣文书。……如此，则政事归一，吏员不冗，文书不繁，行遣径直。（《长编》卷431）
司马光等人的奏议指出三省分权有五方面缺陷：第一，公文在三省之间周转烦琐，“文字太冗，行遣迂回”，困于留滞。第二，门下省封驳甚少，若有封驳，易造成执政大臣之不协。第三，中书省取旨，可以不理会门下省的封驳。第四，门下省也参与朝政商量奏决，“若复有驳正，则为反复。”第五，近日中书文书往往不送门下省，“门下一官殆为虚设，徒使吏员倍多，文字太冗，无益于事。”此奏疏呈上之后，左谏议大夫梁焘也上疏“乞检会（司马）光议，审酌其当而施行。如旧日中书、门下通治政事，省十二房为六房，事可归一，吏无冗员，文书不繁，行遣径直”（同前），但这次垂帘听政的太皇太后没有听取臣下意见，诏曰“不必更改”。
司马光上疏当是元佑元年（1086）之事，因为司马光于当年的闰二月除左仆射，九月就去世了。时吕公著任右仆射、韩维任门下侍郎、张璪任中书侍郎。也就是说，要求重新合并中书、门下二省是正副宰相们的一致意见。此时距元丰五年（1082）的改制仅四年。
元佑元年，右司谏苏辙也上言分析三省制的弊病，认为改制以后，三省之间“参考之益未见，而迂滞之害先著。”原因大约有以下四点：其一，“凡事皆中书取旨，门下复奏，尚书施行，所以为重谨也。臣谓国之大事，及事之已成者，依此施行则可；至于日生小事，及事之方议者，一切依此，则迂缓之弊所从出也。”其二，“三省文书，法许吏人互相点检差误，毫末之失，皆理为赏罚。故被罚者畏避谴呵，巧作迁延，以求细密；被赏者希望劳绩，吹毛求疵，务为稽缓，因此文书无由速了。”其三，“文书至尚书省，自省付诸部，自部付诸司，其开拆、呈复、用印皆有日限，逐处且以五日为率，凡十五日。其堪当于外，日数又多。幸而一出得备具者，自诸司申部、申省，其限日如前，则已一月余日矣。不幸复有问难，又复一月，自此盖有不可知者。”其四，“古者因事设官，事不可已，然后置官。今官仿唐制，事本不须如此，而为官生事者，往往而有。”苏辙认为自己所言的四点，仅仅是三省制弊病中的“一二而已”，所以，必须以“事清吏简”为官制变革之目的。（《长编》卷373）
我们还可以注意到这样一个事实：改制前，大臣们零零散散地提出恢复三省制的要求，没有听到不同的意见，慢慢达成朝野共识；改制后，宰辅和其余臣僚却迅速集体提出合并主张，马上达成共识。这说明恢复三省制确实是不切实际的。
机构重叠，效率低下，在和平时期还可以勉强对付。战争岁月，戎马倥偬,军务、政务往来频繁，就亟须改变这种状况。宋室南渡初年，高宗用李纲为相，李纲上书言十事，其一曰“政出多门，纪纲紊乱，宜一归之于中书，则朝廷尊。”（《宋史·李纲传》）明确提出一省制的建议。吕颐浩建炎三年（1129）四月拜右仆射，“便举行司马光之言，欲并合三省，诏侍从、台谏集议。（张）守言光之所奏，较然可行，若更集众，徒为纷纭。既而悉无异论，竟合三省为一。”（《宋史》卷134《张守传》）《宋史》卷161《职官志》载：“建炎三年（1129）指挥，中书、门下省并为一。”门下省因此不复存在，《宋会要·职官》2之6在“门下省”条目末尾注云：“中兴《乾道会要》无此门”，原因是门下省作为一个独立部门已经消失。此后，门下省职官虽还存在，但已极少行封驳之权力。绍兴元年（1131）四月，诏曰：“中书、门下两省已并为中书门下省，其两省合送给、舍文字，今后更不分送，并送给事中、中书舍人。”（《宋会要·职官》1之79）事实上就是取消了门下的封驳作用。乾道五年（1169）二月，中书舍人汪涓说：“近年以来，间有驳正，或中书舍人、给事中列衔同奏，是中书、门下混而为一”（《宋会要·职官》1之82），至此，门下省职官已形同虚设。孝宗隆兴元年（1163）四月二十七日对给事中金安节说：“近日都不见缴驳，有所见，但缴驳来，朕无不听。”（《宋会要·职官》2之9）宋孝宗是宋代最后一个有所作为的皇帝，所以他还要求臣下行使封驳权。以后的皇帝皆庸碌之辈，且权相接二连三当政，封驳权基本废除。建炎三年的三省合并，宣告了三省制的寿终正寝，自此再也没有帝王试图恢复过。
神宗变革官制，废除重叠的临时性差遣机构，恢复尚书省六部二十四司的职能，这对机构设置的规范化是很有好处的，而且，尚书省六部二十四司的行政职能分工也比较合理妥善。所以，南宋初期再次合并三省，就不再设北宋时期那些依附于中书门下的重叠机构，尚书省六部二十四司的建制和职能得以保存，这是与北宋前期官制最大的不同之处。即使是明代废除宰相，六部的分工建制和部门职能仍然得以延续，且一直绵延到晚清。
3、三省演变的原因。
三省制的发生、发展和演变，应该从中央专制的内部权力构成和相权与帝权的此长彼消等角度来分析观察。也就是说，中央专制权力由相权与帝权两大部分构成。两者的基本目标是一致的，即正常地、有效地发挥中央权力机构的领导作用，治国安邦，以求国泰民安、天下大治，保证一性王朝的代代相传。两者的基本关系是要求在帝权的有效控制下，更好地发挥相权的作用。然而，相权与帝权又是一对统一的矛盾，任何一方的膨胀都是以削弱另一方为代价的，呈现出此长彼消的态势。
相权的膨胀，大约有两点原因：第一，宰相的才干超越帝王的才能。从理论上来说，宰相只有议政权，决策权则在皇帝手中。历代皇帝都是凭借血缘关系一脉相传，具有相对的不可选择性。有时登基的皇帝，或是智力未发展健全的幼童，或是智力低下的白痴，或是性格懦弱者。宰相则往往是在官场的摔爬滚打中磨练出来、而崭露头角的佼佼者，他们熟悉官场，富有政治斗争经验。即使有贵族或外戚家庭背景的宰相，他们能够在家族中脱颖而出，也必须具有相当的政治才干。所以，在多数情况下，宰相的才干总是要超过皇帝的才能。繁重的中央政务处理需要这种才干，复杂的官场人际关系调节也需要这种才干。因此，宰相在许多时候，实际上侵夺了皇帝的决策权，皇帝仅仅是作为权力的一种象征。
第二，宰相机构一经健全、投入运作，就具有相对的独立性。在没有皇权控制的情况下，也将依据惯性自行运转，其对皇权的离心率将越来越大。秦汉的三公制和东汉以后各领风骚的三省，都有这样一个发展过程。宰相机构从起草政令，到复核审查、贯彻实施，或完成各级官员的任命，都可以在不受皇权干涉的情况下独立完成。一旦皇帝昏庸或无能，这种独立性机会被明显突出出来。
相反，当雄才大略的帝王在位时，他们总是要扩展皇权，削弱相权，以增加自己对中央集权的控制力，以便施展自己的宏图，贯彻自己的个人意志。观察历代宰相制度演变的轨迹，都能证明这一点。东汉光武帝以尚书取代三公，魏文帝扩大中书职权，宋太祖以中书、枢密对掌大柄，乃至神宗改制，皆其例。
三省的分而复合、合而复分，其根本原因也就在于皇权与相权之矛盾统一和力求提高行政效率、加强中央集权之追求两个方面
