进口增值税可以抵扣。根据《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书"先比对后抵扣"管理办法有关问题的公告》（国家税务总局 海关总署公告2013年第31号）规定， 自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
进口增值税专用缴款书通过网上办税平台-海关进口增值税专用缴款书模块采集海关增值税专用缴款书后上传数据，可通过"接收结果查询功能"查询上传的数据是否已传输到总局的稽核系统。稽核系统每天晚上将企业采集信息与海关传输的进口缴款书信息进行比对，比对结果可通过"海关缴款书比对结果查询功能"查询。上传票全部比对相符的，稽核系统每月初自动生成稽核结果通知书，通过"稽核结果通知书确认"功能进行稽核结果通知书确认下载。"稽核结果通知书"信息可通过"稽核结果通知书查询"和"稽核结果通知书清单查询".比对不通过的，如果确认本征期内只抵扣当前比对相符的，可以通过"稽核结果通知书确认"功能，将比对通过的缴款书生成"稽核结果通知书"进行下载。
参见 《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（ 国税发〔2004〕148号）规定
