浙江大学优势：名气大、社会的认可度更高些，覆盖的学科数目更全面。
浙江大学劣势：很多学科老杭大、浙工大的底子，除了工科前三和不算数的农学外，其他的理学、文学、医学水平都十分有限，学科精度不高。校区太多，管理混乱。学风不如南大好。
南京大学优势：所设的各个学科实力与排名几乎全部位于全国前十，精度高。南大文科前三，理科第二更有利于培养顶尖学术人才，学校校风纯正。教师水平与科研效率全国第一。
南京大学劣势：名气较小，仅限于江浙一带，致使招生生源不甚理想；部分专业较为冷门；在学术管理制度上较浙大略保守。
