浙大最强的是工科，文史类专业比较弱，跟南大不是一个类型的学校。
南大都是文理综合型大学。纯理科的话，复旦的数学、生物比南大好得多，物理南大相对强一些，化学传统上南大强，但是现在已经和复旦差不多了。其它的比如天文、地理、大气等等纯理科类，都是南大的最强项之一，复旦没有这些专业。浙大的数学很好，和复旦可有一比，其它的纯理学比较一般。
文史类两校不相上下，比如历史、中文、外文等等。博物馆学、国际政治、新闻/广告/传播/广电都是复旦强得多，社会学则是南大强得多，法学两校都很一般。浙大文史类都很一般（因为都是合并前的杭州大学带过来，并不是老浙大）。
经济类两校学术水平差不多，复旦金融更强一些，但是复旦在上海，所以优势很明显。浙大的一般。管理类复旦、浙大比较好，南大差一些。
医学类，复旦合并的原上海医科大学，实力和北医旗鼓相当，因此这3个学校里面毫无争议。浙大合并的原浙江医大，南大则没合并过，浙大比南大相对好不少。
农学类、教育学类，复旦没有，浙大两个都有而且都很好，南大记得也是都没有。
工学类全是浙大的天下。复旦的工科很少不过很精干，微电子在全国顶尖，和清华并列。复旦的高分子、软件都是工科中的强项，国内前5名之内，但是和浙大、南大相比如何不知道。
出国的话，近几年的行情，除掉清华北大，中科大第三，复旦第四，不过今年中科大差不多被复旦赶上了。南大的貌似本校深造的不少。
找工作，同样的专业复旦的优势明显得太多，因为上海的地理优势实在太巨大。南京学校学生很难打进上海各公司，杭州相对还好一些。举个例子，南大学经济的就业情况比上财还要差很多。
论城市综合环境、基建、商业化水平，上海远大于杭州，杭州比南京略强，个人感觉而已。
以上均为个人所了解资料，仅供参考。
希望对你能有所帮助。
