1、单位那些地方违法了？
①用人单位在社保缴纳问题上，有两处违法。一是在建立劳动关系后没有及时缴纳社保；二是缴纳社保时没有按照劳动者的工资比例；
②用人单位向劳动者主张违约金违法。2008年1月1日，《劳动合同法》已经实施，根据第22、25条规定，用人单位不得要求劳动者承担违约责任。
③5月份工资6000作为违约金抵押，没有法律依据，属于《工资支付暂行规定》和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》中的克扣工资。
④不再扣个人所得税属于偷逃税收。
⑤违约金付清后单位为员工办理档案、保险转移手续属于违反《劳动合同法》第50条规定。
⑥未向劳动者出具解除劳动合同的证明，违反《劳动合同法》第50条规定。
2、如果单位败诉，将承担哪些责任？
单位的仲裁申请事项或诉讼请求肯定得不到支持，如果我是该员工，将提出如下反诉：
①用人单位支付本人2008年5月的工资6000元（可以扣税）；《工资支付暂行规定》第9条。
②支付克扣工资的经济补偿1500元；《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条。
③支付经济补偿金1.5个月工资9000元；《劳动合同法》第38、46条。
④支付克扣经济补偿金的额外经济补偿金4500元；《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第10条。
⑤补缴及补足劳动合同期间的社保。各省规定不同，就不例出法律规定了。
⑥出具解除劳动合同的证明，并承担因不出具证明及转移档案、保险给本人造成的损失；《劳动合同法第84、89条规定。
3、单位应怎么处理该问题。
撤回仲裁申请或起诉，与劳动者协商达成一个双方可以接受的条件，和解此纠纷。
