首先确认一下这个单位除了为与劳动者签订劳动合同之外还有什么其他的违法行为吗？
比如是否足额为你缴纳社保五险？是否为你支付加班费？如果这些都做到了，你可以保留进一步追究的权利。
至于保密协议，协议中是否规定协议期间为你支付保密费用（即劳动合同法中载明的经济补偿）？如果只是有义务而没有权利的话，就不能与他签订，另外协议期最高为两年，三年是其自定的土政策。
实在不行的话，也不要太委屈了自己，那就去申请劳动仲裁，仲裁时将未签劳动合同需支付双倍工资一项要写上。
可以参考劳动合同法的相关条款。
《劳动合同法》有关保密协议的条款：
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
