（1）菠菜霜霉病危害叶片。被害叶片开始产生浅黄色不规则的小斑点，扩大后，病斑相互连接，严重时，叶片枯黄，潮湿时，病叶腐烂，在病斑叶背面长有灰紫色霉层，即孢子囊与孢囊梗。
防治措施：①农业防治。重病田实行2～3年轮作，施足腐熟有机肥料，提高植株抗病力；合理密植，防止大水漫灌，加强放风，降低湿度；清洁田园，早春发现病叶和萎缩植株及时拔除，收获时彻底清除残株落叶，带出田外深埋和烧毁。②药剂防治。发病初期，可喷90%疫霜灵可湿性粉剂500倍液、50%安克可湿性粉剂1500倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、72.2%霜霉威水剂600～800倍液、72%克霉星可湿性粉剂500倍液、72%克露可湿性粉剂600～800倍液、72%克抗灵可湿性粉剂600～800倍液，隔7天喷一次，连喷2～3次。农药要交替使用，防止产生抗药性。
（2）菠菜白斑病危害叶片。下部叶片先发病，病斑呈圆形至近圆形，病斑边缘明显，大小0.5～3.5毫米，病斑中间黄白色，外缘褐至紫褐色，扩展后逐渐发展成白色斑。湿度大时，有些病斑上可见灰色毛状物；干湿变换激烈时，病斑中央易破裂。菠菜白斑病菌随病残体在土壤中越冬，春季病菌借风、雨传播蔓延，生长势弱、温暖潮湿条件下易发病，地势低洼、通风不良、管理不善发病重。
防治措施：①选择地势平坦、有机肥充足的通风地块栽植菠菜，适当浇水，精细管理，提高植株抗病力；收获后及时清除病残体，集中深埋或烧毁，以减少病源。②药剂防治。在发病初期，喷洒30%绿得保悬浮剂400～500倍液、50%多霉灵可湿性粉剂1000～1500倍液、75%百菌清可湿性粉剂700倍液、隔7～10天喷一次，连喷2～3次。
（3）菠菜枯萎病一般在成株期发生较为严重。表现为老叶变暗失去光泽，叶肉逐渐黄化，根部逐渐变褐枯死。发病早的植株矮化。菠菜枯萎病菌主要随植株残体在土壤或种子上度夏、越冬。种子可带菌，未腐熟的粪肥也可带菌。病菌可随雨水及灌溉水传播，从根部伤口或根尖直接侵入。高温多湿有利于发病。土温30℃左右、土壤潮湿、肥料未充分腐熟、地下害虫、线虫多时易发病。
防治措施：①与葱蒜类、禾本科作物3～4年轮作，避免连作；施用充分腐熟的有机肥，并采用配方施肥技术，提高抗病力；采用高畦或起垄栽培，雨后及时排水，严禁大水漫灌。②药剂防治。发现病株及时拔除，病穴及四周浇、喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、40%多硫悬浮剂500倍液、10%治萎灵水剂300～400倍液，隔15天喷一次，连喷2～3次。
（4）菠菜炭疽病主要危害叶片和茎部。叶片被害初期产生淡黄色的污点，后逐渐扩大成灰褐色的圆形病斑，具轮纹，中央有小黑点。采种株上主要危害茎部，产生菱形病斑，生有黑色轮纹状排列的小粒点。雨水多、地势低洼、排水不良、密度过大、通风不良、湿度大、浇水多发病重。
防治措施：①农业防治。实行3年以上轮作；合理密植，防止大水漫灌；施足有机肥，追施复合肥料；加强通风，降低湿度；及时清除病残体，减少病菌在田间传播；选用无病种子，种子用52℃温水浸20分钟后捞出，立即放入冷水中冷却，晾干后播种。②药剂防治。发病初期可用80%炭疽福美可湿性粉剂600～800倍液，或40%多丰农可湿性粉剂400～500倍液、2%农抗120水剂200倍液，隔6～7天喷一次，连喷2～3次。也可用8%克炭灵粉尘剂，防治时不加水，每亩每次喷1千克，隔7天喷一次，连喷2～3次，不仅效果好，而且省工、省水。
（5）病毒病被害植株心叶萎缩或呈花叶，老叶提早枯死脱落，植株卷缩成球形。受黄瓜花叶病毒病侵染的病株表现为叶形细小、畸形，节间缩短呈丛生状，新叶黄化；被芜菁花叶病毒侵染的病株，叶片形成不规则、浓淡相间的大花斑，叶缘向上卷；感染甜菜花叶病毒的植株，叶脉透明，新叶变黄，也产生斑驳和向下卷曲。
病源在越冬菠菜及田间杂草上越冬，田间传病主要靠蚜虫。秋季干旱年份，根茬菠菜、风障田发病重，早播地、通风不良地及靠近萝卜、黄瓜地的菠菜发病也重。
防治措施：①物理防治。保护地挂银灰膜条，可起到避蚜作用。②综合防治。选择通风良好，远离萝卜、黄瓜的地块种植菠菜；适时播种，避免早播；遇到早春和秋旱应多浇水，可减轻发病；施足有机肥，增施磷、钾肥，提高抗病力。③清洁田园。在冬前和早春应将田间地边及垄沟的杂草清除干净，并彻底清除病株，带出田外深埋或烧毁。④及时用药剂防治蚜虫。发病前或发病初期可喷20%病毒A可湿性粉剂500倍液，或5%菌毒清水剂300倍液、抗毒剂1号300倍液，增强免疫力。
（6）菠菜潜叶蝇幼虫在叶内取食叶肉仅留下表皮，并形成较宽的隧道。轻者影响品质，失去商品价值，重者造成全田毁灭，损失严重。
防治措施：①深翻土地。收获后及时深翻土地，既利于植物生长，又能破坏一部分入土化的蛹，可减少田间虫源。②施足底肥。要求施经过充分腐熟的有机肥，特别是厩肥，以免把虫源带进田里。③药剂防治。要求在产卵盛期至卵孵化初期、幼虫还未钻入叶内的关键时期及时用药，否则，潜叶后喷药效果差。可选用2.5%溴氰菊酯乳油2000倍液，或1.8%阿维菌素乳油2000～2500倍液，或50%辛硫磷乳油1500～2000倍液，或1.8%爱福丁乳油3000倍液，或90%晶体敌百虫1000倍液喷雾。
