农业防治是在核桃栽培过程中有目的的创造有利于核桃生长发育的环境条件，使核桃生长健壮，提高核桃的抗病能力；同时创造不利于病原物的活动、繁殖和侵染的环境条件，减轻病害的发生程度。农业防治是最经济，最基本的病害防治方法。具体措施可以包括以下几个方面。
（1）培养无病苗木
有些果树病害是随着苗木、接穗、插条、根蘖、种子等繁殖材料而扩大传播的。对于这类病害的防治，必须把培养无病的苗木作为一项十分重要的措施。因此，使用无病苗木和接穗就显得十分重要，尤其在新建果园时，对无病苗木的选择尤为重要。必须严格禁止采用带毒接穗，同时应该加强果树病毒病技术的研究，为繁殖材料带毒情况的鉴定提供简便易行的方法。
（2）做好果园卫生
果园卫生包括清除病株残余、深耕除草、砍除转主寄主等措施。其主要目的在于及时消灭和减少初侵染及再侵染的病菌来源。对多年生核桃来说，果园病原物的逐年积累，对病害的发生和流行起着更重要的作用。因此，搞好果园卫生，就有很明显的防治效果。
（3）合理修剪
修剪是核桃管理工作中的重要措施，也是病害防治的主要措施之一。合理修剪可以调整树体的营养分配，促进树体的生长发育，调节结果量，改善通风透光条件，增强树体的抗病能力，起到防治病害的良好作用。此外，结合修剪，还可以去掉病枝、病梢、病蔓、病芽和僵果等，减少病源的数量。但是，修剪造成的伤口是许多病菌的侵入门户，修剪不当也会造成树势衰弱，有可能加重某些病害的发病程度。因此，在修剪过程中，应结合防治病害的要求，采用适当的修剪方法，同时对修剪伤口进行适当的保护和处理。
（4）合理施肥和排灌
加强水肥管理，可以提高核桃的营养状况，提高抗病能力，起到壮树防病的作用。对于缺素症的核桃，有针对性地增加肥料和微量元素，可以抑制病害的发展，促使树体恢复正常。
果园的水分状况和排灌制度影响病害的发生和发展。南方果区的一些病害如根腐病等在果园积水的条件下发病严重，改漫灌为沟灌并适当控制灌水，及时排除积水，翻耕根围土壤，可以大大减轻其为害。病菌可以随水传播，灌水时应注意水流方向。在北方果区，核桃进入休眠前若灌水过多，则枝条柔嫩，树体充水，严冬易受冻害，加重了枝干病害等的发生。适当增施磷钾肥和微量元素，具有提高核桃抗病能力的效果。多施有机肥料，可以改善土壤，促进根系发育，提高植株的抗病性。
（5）适期采收和合理贮运脱青皮
果实的收获和贮运脱青皮是一项十分重要的工作，也是病害防治中必须重视的环节。果实采收不仅和坚果的产量及品质有关，而且采收适时与否，采收过程中和贮运脱青皮过程中造成的伤口多寡，以及贮运脱青皮期间温度、湿度条件等，都直接影响贮运脱青皮期间病害的发生和为害程度。
（6）选育和利用抗病品种
选育和利用抗病品种是防治核桃病害的重要途径之一。不同的树种和品种对病害的抗病性往往不同，若加以利用，可达到防治病害的目的。同时，通过各种育种手段培育新的抗病品种，也是防治病害的重要方法。
