（一）主要病害
龙眼鬼帚病，又名丛枝病、秃枝病、扫帚病、麻风病等。主要由龙眼鬼帚病毒引起，也可能与类菌原体复合侵染。产区以福建发生严重，广东、广西较轻，浙江、台湾也有发生。该病主要危害春梢及花穗，花穗、枝梢生长畸形，枝端叶片狭长或呈线状，不能开展，易脱落成秃枝，发病枝梢上的花穗不能结实，树势衰弱，产量逐年下降，常年减产20%～30%，严重时全无收成，终致全树死亡。传病昆虫介体是木虱、荔枝蝽、白蛾蜡蝉等。
防治：①严格实行检疫，禁止带病苗木、接穗和种子传入新区（无病区）和新果园。②培育无病苗木，用无病、品质优良母本树的种子或接穗育苗，严禁从病树上高压苗木。③选用抗、耐病品种。④结合修剪、疏花疏果等作业，剪除病枝、病穗，拔除病苗，集中烧毁。⑤及时防虫。⑥加强栽培管理，适时适量施肥，以增强树体，提高抗病力。
其他病害参看荔枝。
（二）主要虫害
全国已发现龙眼害虫约110种。其中，以荔枝蝽、荔枝蒂蛀虫及近年发现的龙眼亥麦蛾和龙眼角颊木虱等最为重要。
1.龙眼亥麦蛾（Hypatima longanae）
是近年发现蛀食枝梢和花穗的新害虫。据1990年杨集昆等调查，福建、广东、广西等龙眼产区发生较普遍，局部地区新梢受害率高达41.1%。龙眼新梢木质部被蛀食后，破坏了导管组织，导致水分代谢失调，造成与龙眼鬼帚病相似的丛枝或鬼穗症状，嫩叶卷曲萎缩，花穗密集，花朵臃肿肥大，开花失常且多不结果，导致树势衰弱，降低当年产量。
防治：①注意检疫，严防害虫随接穗、种苗传入新区。②及时剪除受害的枝梢和花穗，集中烧毁，以抑制虫害的蔓延。③利用天敌，龙眼亥麦蛾有多种寄生蜂，尤其是黄长距茧蜂自然寄生率很高，要防止滥施农药，保护天敌。④各次嫩梢抽芽期，用25%杀虫双350倍液，或与杀灭菊酯或敌百虫混用；亦可用20%灭扫利乳剂1500倍杀虫护梢，兼治蒂蛀虫和荔枝蝽。
2.龙眼角颊木虱（Cornegenapsylla sinica Yang）
是一种龙眼的新害虫（1982年杨集昆等）。分布于福建、广西、广东和海南。此虫目前仅见危害龙眼。成虫在嫩梢和花穗上吸食危害，若虫固定于叶背吸食并形成“钉状”下陷的伪虫瘿。因此，叶面布满小突起（闽南称麻疯叶），叶片变小，畸形扭曲，影响新梢抽生和叶片正常生长，导致果质下降、产量减少。此外，该虫还是龙眼鬼帚病的传播媒介。
防治：运用各种农业措施，促使龙眼抽梢整齐，并根据田间调查测报，适时喷药保梢。可用40%乐果乳剂1000～2000倍液；80%敌敌畏乳剂、40%乐斯本乳剂或40%乙酰甲胺磷1000倍液；25%亚胺硫磷乳剂400倍液等，均有良好的防治效果。此外，不少荔枝害虫可危害龙眼，可参阅荔枝虫害部分。
