冬闲田种蘑菇年年进行菇—稻轮作，病虫害较少，但在各个生产环节，蘑菇极易受到病虫害的侵害，因此也要做好病虫害的防治工作。其病害、虫害主要来自土壤、培养料以及受污染的废弃物。病菌的孢子、菌丝主要依靠空气、水、昆虫、人为等途径传播。高温、高湿和通气不良的菇房，有利病虫害的发生蔓延。因此，蘑菇的病虫害防治要采取综合防治的措施，任何单一的防治方法都很难收到良好的效果。在病虫害的综合防治上，应采取以下措施：
（1）设置合理的菇房 菇房要设置在交通方便、靠近水源、环境干净、通风向阳的地方，并远离堆放粮食、饲料、饼肥等的仓库，以及畜舍、垃圾堆等易于孳生病虫的场所。菇房的结构要合理，大小要适中，创造一个有利于食用菌生长而不适于病菌生长的生态环境。菇房内外要定期清理消毒，以保持经常性的卫生。
（2）堆制好优质的培养料 原辅料如稻草、棉籽壳等应选用新鲜、干燥、无霉变的，使用前先经阳光曝晒1～2天，利用太阳热和紫外线杀死附在原料上的病菌。在配制培养料时应注意碳氮比例和加入氮肥的时机，防止游离氨气对蘑菇的毒害，防止杂菌的发生。掌握好适当的料水比例，料太干、太湿均不适宜蘑菇的生活，而有利于病菌和虫害的发生。堆制好的培养基要测其酸碱度，过酸过碱均应进行调节，使其在pH7.5左右。堆制时要保持足够的堆温，发酵均匀，防止粪块和堆料夹生。培养料要尽可能进行二次发酵。二次发酵的后发酵只要温度保持50～52℃，持续4～5天，就可杀死一些不耐高温的病菌孢子，而又有利嗜热放线菌的繁殖，促进蘑菇获得高产。
（3）做好覆土的消毒工作 这是杜绝病虫侵害的重要措施。首先要从没有施过蘑菇废料的田地取土作为覆土的材料，其次根据实际情况选用以下一种消毒方法：
①将土粒先经阳光曝晒，利用太阳热能和紫外线杀死土粒中的病菌，再用石灰水调湿后上床覆土。
②将土粒堆成堆，用薄膜盖密，通入蒸汽，当土温达60～65℃时，维持3～4小时，可以杀死土粒中的病菌、害虫。
③甲醛熏蒸，每立方米土粒用5%甲醛溶液10千克喷洒，然后用塑料薄膜密封1～2天，摊开待甲醛挥发后，再上床覆土。
（4）加强菌床管理①防病与除虫同步进行。定期用80%敌敌畏1∶800倍液喷洒菇房走道、地面及菇房四周环境。一般成虫有趋光性，可在菇房附近安装黑光灯诱杀。
②加强科学管理。选用优质无病虫感染和适龄的菌种作为播种的材料。菇房用水要保证水质清洁，喷水方法要力求促控结合，该多则多，该少则少。覆土后前期要轻喷、勤喷，待快出菇时才重喷出菇水。大多数病菌喜高温高湿，菇床一旦出现病害，应停止喷水，加大通风量，菇床的湿度以宁干勿湿为原则。调节好菇房内适宜的光、温、水、气等生态条件，使食用菌菌丝生长健壮，增强生活力和提高抗逆性，以旺盛的长势抑制病菌的发生和蔓延。
③及时处理已发生的病害。菇床一旦出现病害，除停止喷水、加强通风外，可用1%漂白粉液或70%甲基托布津1000倍液喷洒菇床；细菌性病害可用兽用链霉素、青霉素等注射局部的患处。捡去菌床上已污染的培养料、土粒、老菌索、菇根，发病严重的应立即将菌体及培养料清除，并集中烧毁或深埋，防止病菌扩散。
