东北地区体制机制改革不到位，以及对内对外开放水平偏低等问题依然突出。例如，国有企业实施股份制改革后，现代企业制度尚未建立;大量业务处于停顿或基本没有经营业务的“僵尸企业”尚未得到妥善处置;厂办大集体问题等历史遗留问题尚待破解;政府对经济过度干预的现象依然存在，转变政府职能，建设服务型政府，提高社会化服务水平等方面任重道远。再如，东北地区外贸进出口总额在全国占比只有其经济总量占比的一半左右，对外开放程度偏低;出口商品主要是附加值相对偏低的粮食、纺织品、钢材、成品油等;沿边口岸对外贸易很多仍是过货贸易;区域内部以及与国内其他区域的合作尚处在较低水平。
在我国经济发展步入新常态以来，东北地区市场化程度不高，国有企业活力不足，民营经济发展不充分，以及开发开放水平偏低等体制机制的深层次矛盾和问题显现出来。这些矛盾和问题若不下大决心通过全面深化改革，下大力气采取更为有效的政策举措加以解决，就难以实现全面振兴的总体目标，也无法完成东北地区成为我国新的经济支撑带的重大任务。
