一是对建立现代企业制度过程中加强党建工作的重要性认识不足。
有的人认为建立现代企业制度与国际接轨，国有企业党组织的地位和作用会出现弱化；有的人认为在混合所有制的法人治理结构中，企业股东大会和董事会是决策机构，企业党组织管好党员就行了，没必要介入企业的生产经营活动，参与企业重大问题决策；有的人认为企业实行现代企业制度以后，企业党务干部逐步兼职化、党组织活动业余化。
二是国有企业的领导体制正处在探索阶段。
企业党组织与企业法人治理结构之间的关系还不十分明确，企业党组织参与重大问题决策的途径和方法还需要进一步探索。
三是党管干部原则在一些企业难以落实。
一些企业党委只负责管理党务干部，很难履行对企业内部各级、各类干部的教育、培养、考察、监督职责，特别是对行政中层干部的任免，往往是由董事长或总经理动议，然后由党委组织部门去考察，走程序。
四是在一些企业，工人阶级主人翁地位和作用出现被削弱的现象。
有的企业轻视职代会的作用，把职工参与管理特别是参与重大决策当作一种形式，只是走走过场，个别的甚至连过场也不走，影响了企业职工积极性和创造性的发挥。
五是企业党建工作思想观念陈旧、工作方法缺乏创新。
一些企业党组织面对国企改革给党建工作带来的新情况、新问题，创新意识不够，仍习惯于传统的工作模式，在工作方法上缺乏时效性和针对性。一些停产、半停产企业党建工作不能正常开展，党员先锋模范作用难以发挥。
