性质是不一样的：
债券一般采用公募形式（除定向发行，也就是私募债），需要报材料由相关归口单位审批（公司债券是证监会，企业债是发改委，中票、短融、定向发行是银行间交易商协会），债券发行的额度不能超过公司审计净资产的一定比例，审批通过后可在一定期限内自行择机发行，利率在发行时确定。债券融资与股票融资一样，同属于直接融资。
抵押贷款一般有银行贷款或委托贷款形式，通常是非公开的仅在特定主体间的借款，无需审批，各方主体达成合意即可，额度、抵押等事项也是协商确定（当然银行自己会有审核），属于间接融资。
而债券是无需抵押的，信用评级较低的话，债券发行利率就会较高，为降低发行成本，企业一般会自行担保增信。抵押贷款主要是指银行以证券公司或第三者财产为抵押而发放的贷款，抵押的财产包括各种有价证券和固定资产。
