可以和员工签订离职协议，里面明确已经报销该员工的社保费用。如果该员工实际上确实缴纳了社会保险，那你们公司就没什么风险了。因为如果员工是城镇户籍，他的社保已经缴纳，则他无法再投诉要求补缴，如果是农业户籍，你们有这个协议，证明公司是给了社保这部分钱的，这样也是没有责任的。
但是如果员工在收了公司的钱之后没有缴纳社会保险，这样公司可能会有一些风险。对于城镇户籍的员工，如果他去社保中心投诉，则公司需要无条件为其补缴，如果是这种情况建议公司在签订协议时写明如果他去投诉，需要向公司支付违约金多少多少等等，来约束员工的行为。（不过这也不能对抗社保中心要求补缴的通知，只是约束一下员工而已）。如果是农业户籍的员工，那给过他补贴还是可以免除公司的风险的。
以上答复只是依据我执业的地区的劳动纠纷审判实践作答，不排除你们公司所在省市有不同规定的可能，仅供参考。
