1、分析不同：一个是“本质方法论”。这是从与大众对这个问题的理解相反的、更为实用的角度对“透过现象看本质”的分析；一个是“分清边界”。这可以看做是对“透过现象看本质的本质”是什么的分析。
2、本质方法论不同：“透过现象看本质”这样一种表述，暗示着我们通常以为是先看到现象，然后再去分析现象背后的本质。
但现实很可能是与此相反的：一个人已经有了他自己的“本质方法论”，他习惯的就是运用这套方法论来解释所有事物。因此在看待问题时，他是先看到本质，再去分析表象。
3、理论不同：一个人在他的生活中，通过对世界的不断学习、实践、复盘、优化，而总结出的一套个人哲学体系。这套哲学体系，在他的生活中经过了反复的验证和不断地改进，直至这套体系成为了一种可以完美的解释他所看到的客观世界的理论模型。
参考资料来源：百度百科-本质与现象
