无论是否实行年薪制，只要公民工作时间超过其劳动法规定的时间以后，单位都是应该按照相关时间作为加班而给予员工应得的加班费。
《中华人民共和国劳动法》
第四十一条 用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
第四十三条 用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。
第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
