所谓的特殊病种门诊，是指为了充分发挥基本医疗保险作用，满足长期患慢性疾病以及需长期用药的参保患者的基本医疗需求，减轻其医疗费的负担，对一些特定的不需要住院且医疗费用较高的患大病和慢性病的人员在门诊进行诊疗的方式。符合特殊病种门诊医疗条件人员，其门诊用药费用按住院费用报销办法，可以由统筹基金和个人账户按比例分别负担。也就是说，这些特殊病的患者虽然没有住院治疗，也不需要住院治疗，但是对于他们所患的特殊疾病治疗产生的医疗费用却可以按照住院治疗费用对待，在重大疾病医疗保险基金中列支。这样规定是对特殊疾病患者的一种特殊对待和政策，不仅可以提高对于一些慢性病患者的健康权的保障，而且有利于提高医疗资源的利用效率。
特殊病种门诊的一般范围确定，根据各地的实际生活水平会有一定的差异，但一般包括各类慢性疾病：尿毒症透析治疗；器官移植术后抗排斥治疗；恶性肿瘤放、化疗，糖尿病(合并严重感染或有心、肾、眼、神经并发症之一者)；心、脑血管病严重并发症(陈旧性心肌梗塞、脑卒中留有严重后遗症)：慢性肺心病(心功能不全I级)；活动性结核病；处于缓解期或巩固期的精神分裂症或情感性精神障碍，慢性肝炎或肝硬化，慢性肾功能不全(氮质血症期)，高血压病(Ⅲ期)；慢性再生障碍性贫血；类风湿症(肢体功能障碍，关节畸变)；帕金森氏综合症；系统性红斑狼疮；以及其他经各地医保中心确认的疾病。各地的社会保险经办机构对患特殊病种制定目录，并且规定特殊病种确认标准及报销范围。
