1、 农民专业合作社要到主管国税机关办理税务登记、接受税务管理，领取普通发票，对外开具加盖了”农产品销售专用章”发票．从2009年起，农民专业合作社也可以申请认定增值税一般纳税人，开具增值税专用发票。
2、《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税[2008]81号）规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税；
3、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额；
4、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
5、《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(2009年1月1日起施行)规定：农业生产单位和个人销售自产的初级农产品可以免征增值税，包括种植业、养殖业、林业、牧业和水产业。
6、《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》(财税[2001]113号)规定：对种子、种苗、化肥、农药、农机、农膜等货物的批发和零售实行免征增值税。
拓展资料：
农民专业合作社是以农村家庭承包经营为基础，通过提供农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务来实现成员互助目的的组织，从成立开始就具有经济互助性。拥有一定组织架构，成员享有一定权利，同时负有一定责任。
第五章 财务管理
第三十二条 国务院财政部门依照国家有关法律、行政法规，制定农民专业合作社财务会计制度。农民专业合作社应当按照国务院财政部门制定的财务会计制度进行会计核算。
第三十三条 农民专业合作社的理事长或者理事会应当按照章程规定，组织编制年度业务报告、盈余分配方案、亏损处理方案以及财务会计报告，于成员大会召开的十五日前，置备于办公地点，供成员查阅。
第三十四条 农民专业合作社与其成员的交易、与利用其提供的服务的非成员的交易，应当分别核算。
第三十五条 农民专业合作社可以按照章程规定或者成员大会决议从当年盈余中提取公积金。公积金用于弥补亏损、扩大生产经营或者转为成员出资。
每年提取的公积金按照章程规定量化为每个成员的份额。
第三十六条 农民专业合作社应当为每个成员设立成员账户，主要记载下列内容：
（一）该成员的出资额；
（二）量化为该成员的公积金份额；
（三）该成员与本社的交易量（额）。
第三十七条 在弥补亏损、提取公积金后的当年盈余，为农民专业合作社的可分配盈余。
可分配盈余按照下列规定返还或者分配给成员，具体分配办法按照章程规定或者经成员大会决议确定：
（一）按成员与本社的交易量（额）比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十；
（二）按前项规定返还后的剩余部分，以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社成员。
第三十八条 设立执行监事或者监事会的农民专业合作社，由执行监事或者监事会负责对本社的财务进行内部审计，审计结果应当向成员大会报告。
成员大会也可以委托审计机构对本社的财务进行审计。
