项目申报程序和要求主要有：首先，省级农村经营管理部门（以下简称“主管部门”）根据《农民专业合作组织示范项目申报指南》要求，组织指导本地区农民专业合作组织项目申报工作。省级主管部门在组织项目申报工作中，要充分征求和听取种植、畜牧、水产等产业主管部门的意见。农民专业合作组织按照章程规定，经过民主程序，在资金使用范围内，集中申请1～2个项目建设内容，填报项目申报书。其次，项目申报书一式6份，经农民专业合作组织法定代表人签名后，留存1份，将其余5份送当地县级主管部门审核。县级主管部门审核并签署意见后，留存1份，将其余4份上报省级主管部门。最后，省级主管部门在申报数量限额内组织审核、筛选和排序，提出项目建议，连同项目申报书，以财（计财）字文件分别报送农业部农村经济体制与经营管理司（2份）和财务司（1份）。
申请项目的农民专业合作组织在按以上程序报送项目申报书的同时，须报送以下材料的复印件：合作组织章程；营业执照（注册登记证书）、组织机构代码证及工商登记机关登记在册的成员名单；管理制度（包括财务管理制度）；当年资产负债表和收益分配表；产品注册商标证书、获得的名特优产品证书，无公害农产品、绿色食品、有机食品或相应生产基地认证证书，地理标志认证证书，中国农业名牌等知名商标品牌证书，执行的生产质量安全标准文本，获得的省、市级示范专业合作组织（合作社）表彰的相关文件等。
一般来说，检查验收工作具体由各级农村经营管理部门牵头，组织相关专家、部门领导、合作社辅导员等组成检查验收小组负责。主要采取听取汇报、现场查看、查阅资料与走访成员相结合的办法，实行现场打分，综合评定。检查验收主要针对合作社所在省市的重视情况、合作社自身的建设情况、合作社对项目资金的利用情况，以及工作实施进展与成效。检查验收工作分三步进行：第一阶段，由各合作社按照验收内容进行自查，形成合作社示范项目总结报告，并上报省级主管部门；第二阶段，由各省级主管部门对所辖区示范项目建设情况进行验收，并形成验收报告，报农业部；第三阶段（每年12月31日前），由农业部组织对示范组织建设情况进行检查验收。
此外，从2012年开始，农业部组织实施的“农民专业合作组织示范项目”已与财政部组织的农民专业合作组织项目合并为专项转移支付项目。尽管项目资金支付下拨渠道发生变化，但组织实施和管理的主体依然是各级农业主管（农村经营管理）部门，有关管理办法已在不断探索和完善之中，各级辅导员可根据当年下发的有关通知要求执行。
