不是只能自行缴纳，可以选择其中一家单位代扣代缴。
《个人所得税自行纳税申报办法》(国税发[2006]162号)第二条第(二)项规定：“从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，应当按照本办法的规定办理纳税申报。”
第三条第二款规定：“本办法第二条第二项至第四项情形的纳税人，均应当按照本办法的规定，于取得所得后向主管税务机关办理纳税申报。”第十一条第(一)项规定：“从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。”
扩展资料：
全国人大常委会关于修改个人所得税法的决定草案2018年8月27日提请十三届全国人大常委会第五次会议审议。依据决定草案，基本减除费用标准拟确定为每年6万元，即每月5000元，3%到45%的新税率级距不变。此外，决定拟自2019年1月1日起施行。
拟自2018年10月1日至2018年12月31日，先将工资、薪金所得基本减除费用标准提高至5000元/月，并适用新的综合所得税率；个体工商户的生产、经营所得和对企业事业单位的承包经营、承租经营所得，先行适用新的经营所得税率。
参考资料来源：百度百科-个人所得税自行纳税申报办法（试行）
